Ngày 13-7-1862, nửa tháng sau khi cuộc khởi nghĩa bùng nổ, Bông mới
phái thông báo hạm Noócdagaray vừa được tăng cường thêm một số lính
tới đánh chiếm lại Côn Đảo. Nghĩa quân chống lại mạnh mẽ, nhiều trận
chiến đấu đã diễn ra ở An Hải. Rút xen cũng đã trở lại phối hợp với Sơvaliê
tổ chức những cuộc càn quét khủng bố nhân dân trên đảo. Tên tù phản bội
lại dẫn quân Pháp đi lùng sục. Nhân dân đã cùng nghĩa quân rút lên núi. Họ
lập trại, đóng thuyền để đưa người về đất liền.
Giặc chia thành nhiều mũi càn quét, giết chết hai người và bắt được hơn
100 người, trong đó có một số tù nhân. Cả viên đội chỉ huy người Việt chỉ
huy đơn vị coi tù cũng bị bắt, chính ông là người đã phát súng đạn cho
nghĩa quân. Nghĩa quân cũng đã tổ chức cho 30 người tù 2 người lính và 6
dân thường dùng thuyền vượt biển. Họ giết được 30 tên địch.
Sau 13 ngày càn quét, khủng bố, Pháp đã thiêu hủy 12 lán trại, đốt một
thuyền to. Ngày 25-7-1862, quân Pháp đem 20 nghĩa quân bị bắt ra xử bắn.
Trong ký ức của nhân dân Côn Đảo còn ghi lại một chuyện căm thù: sau
một cuộc săn lùng ráo nết, ngoài số người chúng đã giết tại chỗ, giặc bắt về
20 người. Chúng bắt họ đào một hố to chôn hơn 100 xác người bị chúng
giết. Lấp xong ngôi mộ tập thể đó, chúng đem chôn sống cả 20 người kia.
Trước năm 1945, trên con đường ra Bưng Sấu người ta còn thấy nhiều
xương chi, xương sọ trồi lên ven các gò cát, mỗi khi gió chướng thổi về.
Tháng 5 năm 1863, thiếu úy hai quân Risa(Richard) được phái đến Côn
Đảo để ổn định tình hình, tiếp tục xây dựng nhà tù Côn Đảo đã bị cuộc khởi
nghĩa Tháng Sáu 1862 làm đình trệ. Số người bị Pháp bắt giam trong các
cuộc càn quét ở ba tỉnh miền Đông Nam Bộ ngày một nhiều. Viên quản đốc
mới của Nhà tù Côn Đảo được phái ra cùng với chuyến tàu chở 46 người tù
.
Theo báo cáo của Risa, giữa năm 1863, nhà tù Côn Đảo trống trơn, tình
cảnh của dân chúng khốn quẫn đến mức “không sao tả xiết”. Mùa màng bị
thất bát, vườn tược bỏ hoang, lương thực thực phẩm thiếu thốn nghiêm
trọng, đến thóc giống cũng không có. Nạn đói hoành hành trên đảo. Người
dân phải ăn củ rừng, thằn lằn, dơi, chuột... tất cả những gì tìm được. Bầu
