Khi còn học tại đại học Paris, Vesalius làm trợ lý cho Jacobus Sylvius (1478-1555), người có quan điểm
cực kỳ bảo thủ, coi việc mổ xác con người chỉ là một phương tiện để theo đuổi các nghiên cứu theo quan
điểm của Galen. Đáng tiếc là do bầu không khí ở Paris quá bất ổn cho nên Vesalius đành phải lánh đi và
không lấy được bằng cấp gì cả. Vào mùa thu năm 1537, Vesalius ghi tên vào trường y của đại học Padua,
vốn là một trường có uy tín nhưng mới được khai sáng tương đối. Ông được cấp bằng bác sĩ vào tháng
12 năm 1537 và được bổ nhiệm làm giảng nghiệm viên về giải phẫu và phẫu thuật. Không làm theo các
giáo sư truyền thống, Vesalius vừa mổ xác vừa giảng bài. Những bài học trong khi mổ xác đã làm bận
rộn nhà giải phẫu và cử tọa từ sáng đến đêm khuya liền trong ba tuần lễ. Để hạn chế tối thiểu vấn đề thối
rữa xác, các cuộc mổ xác được sắp xếp vào mùa đông. Nhiều xác chết được mổ cùng một lúc để cho
nhiều bộ phận khác nhau được trình bày một cách rõ ràng. Các cuộc giải phẫu bắt đầu bằng việc nghiên
cứu bộ xương, sau đó đến phần cơ, mạch máu, thần kinh, các tạng trong bụng và lồng ngực, và bộ não.
Đến năm 1538, Vesalius bắt đầu nhận thấy có sự khác biệt giữa giải phẫu học của Galen và những quan
sát của chính mình, nhưng khi một nhà giải phẫu trẻ tuổi dám thách thức Galen, thì Vesalius chửi anh
sinh viên này là “thằng điên”, đồ mang rác rưởi cặn bã, ma cô, đồ nói láo và nhiều tên gọi khác không
thể in ra được ngay cả trong thời đại cởi mở của chúng ta hiện nay. Nhưng Vesalius lại bảo các học trò
rằng họ có thể học nhiều điều ở tiệm bán thịt hơn là trong bài giảng của một số giáo sư đần độn. Khi nói
về tài mổ xác của thầy mình, Vesalius nói rằng Sylvius và con dao của ông ta khéo léo trên bàn tiệc hơn
là trong phòng mổ xác. Năm 1539, Marcantonio Contarini, một quan tòa của tòa hình sự Padua, thấy
thích thú công trình của Vesalius đến nỗi ông tặng xác các phạm nhân bị hành hình cho trường đại học và
sẵn lòng bố trí thời gian hành hình để thuận tiện cho công việc của nhà giải phẫu.
Cuối cùng để đánh dấu độc lập của mình đối với Galen, Vesalius bố trí một buổi giảng bài - mổ xác công
khai để trình bày trên 200 điểm khác biệt giữa bộ xương của người và khỉ, và nhắc cho công chúng biết
rằng công trình của Galen dựa trên việc mổ xác khỉ. Các phản ứng thù nghịch của những người theo
Galen xảy ra là điều không tránh khỏi. Các nhà giải phẫu học theo Vesalius bị dèm pha là “Bọn Luther
của ngành thuốc” vì lẽ những tư tưởng lệch lạc của các nhà sáng tạo y học này cũng gây nguy hiểm như
các tư tưởng lạc đạo của Martin Luther’s (1483-1546) đối với tôn giáo. Chán với việc tranh luận,
Vesalius đầu quân làm ngự y cho vua Charles V, là Hoàng đế đế quốc La Mã thần thánh và vua Tây Ban
Nha, là người mà ông ta đề tặng bộ The Fabrica. Chẳng bao lâu sau đó, Vesalius phát hiện rằng công
việc của triều đình cũng đáng ghét như trong thế giới hàn lâm đầy bão táp.
Sự bảo trợ của một vị vua, Giáo hoàng, hoặc một quý tộc giàu có có thể giúp cho nhà khoa học tiếp tục
công việc của mình, nhưng những nhà bảo trợ đó lắm khi là những bệnh nhân khó tính và hay hạch sách.
Vua Charles V bị bệnh thống phong, hen suyễn và một loạt các triệu chứng mơ hồ khác trở nặng do nhà
vua ưa dùng thuốc của bọn lang băm. Hơn thế nữa, vua thường cho các triều đình khác mượn ngự y. Vì
thế, khi vua Henry II của Pháp bị chấn thương khi cưỡi ngựa đấu thương, Vesalius và phẫu thuật gia
người Pháp Ambroise Paré, là những thầy thuốc được mời tham vấn. Sử dụng 4 cái đầu của phạm nhân
bị xử trảm, Paré và Vesalius tiến hành thử nghiệm để xác định bản chất của thương tổn. Họ đã dự báo
đúng đây là vết thương gây tử vong. Theo một truyền thuyết đáng ngờ nhưng cứ tồn tại, Vesalius đi hành
hương sang đất Thánh để rũ bỏ nhiệm vụ phục vụ Hoàng đế, hoặc để sám hối vì đã làm một cuộc mổ xác
giảo nghiệm khi nạn nhân chưa chết hẳn. Vesalius có thể lấy cớ hành hương nhằm thăm dò khả năng
quay trở lại chiếc ghế giáo sư tại Padua. Đáng tiếc là ông ta chết trên đường trở về.
