Paris trước khi xuống Lyons nơi mà ông cho công bố một ấn bản mới bộ Địa lý học của Ptolemy, nhà
thiên văn và địa lý thành Alexandria. Thậm chí khi biên tập một tác phẩm cổ điển rất xa xưa như thế,
Servetus cũng không bỏ lỡ cơ hội phát biểu các ý kiến nguy hiểm. Khi tả về nước Pháp, Servetus nhắc
đến nghi lễ Chữa bệnh nhờ Đế Vương chạm vào (Royal Touch) trong đó nhà vua đã chữa khỏi một cách
kỳ diệu những người bị chứng tràng nhạc (hạch lao ở cổ). Ông ta viết: “Chính tôi đã thấy nhà vua sờ
nhiều người mắc bệnh này, nhưng chẳng thấy ai khỏi bệnh cả”.
Quay lại trường Đại học Paris để học nghề y, Servetus kiếm sống bằng cách dạy thêm toán, địa lý và
thiên văn học. Khi ông ta bước qua ranh giới mà học thuyết Thiên Chúa giáo vạch ra giữa những lĩnh
vực được chấp nhận trong khoa chiêm tinh và khu vực cấm trong chiêm tinh phán đoán (chủ yếu là bói
toán), thì ông bị dọa rút phép thông công. Những sự công kích về môn chiêm tinh phán đoán có thể truy
nguyên từ thời Thánh Augustine (354-430), nhưng sự chống đối thần học và sự hoài nghi triết học dường
như trở nên dữ dội hơn vào cuối thế kỷ 15. Mặc dù ý hướng đầu tiên là phải bảo vệ các hành động của
mình, nhưng không thể nào làm khác hơn được nên Servetus đành phải rút lui vào bóng tối. Sự tách rời
sau đó giữa y học và chiêm tinh trong tầng lớp học giả tại Pháp được coi là do sự công kích vào khoa y
của đại học Paris nhằm vào một chiêm tinh gia có tên là Villanovanus vào năm 1537.
Như thể muốn có thêm rắc rối, Servetus bắt đầu trao đổi thư tín với John Calvin (1509-1564), một nhà
cải cách tôn giáo người Pháp phái Tin lành, người khai sinh ra một hệ thống tôn giáo đặt các tín điều trên
sự tiền định và cứu chuộc chỉ nhờ ơn Chúa. Ngoài việc chỉ trích tác phẩm Các Nguyên Lý Cơ đốc Giáo
của Calvin, Servetus còn gởi trước cho ông này một bản của chuyên luận cấp tiến của mình, Về Sự Phục
hồi Đạo Cơ đốc (1553). Calvin đáp trả bằng cách gởi những trang sách xé từ quyển Phục hồi này cho
Tòa án tôn giáo kèm theo thông tin rằng Servetus đã in ra một quyển sách chứa đầy những lời báng bổ
đầy xúc phạm. Servetus bị bắt và nhốt vào ngục nhưng tìm cách thoát ra được trước khi bị đưa ra xử, kết
tội và đốt hình nộm. 4 tháng sau, Servetus lộ diện tại Geneva của Calvin, tại đây ông ta bị bắt và kết tội
bị thiêu sống “không chút thương xót”. Nhiều cố gắng nhằm làm giảm nhẹ bản án thành thiêu sống “với
sự khoan dung” (tức là thắt cổ trước rồi mới đem thiêu) không thành công. Hầu như tất cả các bản vừa
mới in của quyển Phục hồi đều bị ném vào lửa. Năm 1903 giáo đoàn phái Calvin tại Geneva bày tỏ sự
hối tiếc và dựng lên một tượng đài kỷ niệm cho một kẻ lạc đạo hy sinh. Hơn thế nữa, khi phúc tra lại vụ
án cho thấy rằng án tử hình không đúng luật, bởi vì hình phạt đúng mức chỉ ở mức trục xuất.
Do thực tế là sự trình bày của Servetus về tuần hoàn phổi bị chôn vùi trong 700 trang sách của bộ Phục
hồi, rõ ràng là động cơ và cảm hứng của ông này trước tiên là vì tôn giáo chứ không phải y học hoặc
khoa học. Theo Servetus, để hiểu được mối liên hệ giữa Thượng đế và nhân loại, và để biết đấng Thánh
Linh, ta phải hiểu được cái hồn trong cơ thể con người. Sự hiểu biết về chuyển động của máu đặc biệt
quan trọng, như được nêu trong chương Lê Vi ký trong Cựu Ước, “sự sống của xác thịt nằm trong máu”.
Không đồng ý với các quan niệm của Galen, Servetus lập luận rằng trên thực tế, có nhiều máu được đưa
vào phổi hơn là nhu cầu nuôi dưỡng của phổi cho thấy rằng việc máu đi qua những lỗ trên vách tim
không phải là lối chính để máu đi vào buồng tim trái. Trong hệ thống của Galen, nạp oxy vào máu là
chức năng của thất trái, nhưng Servetus nghĩ rằng sự thay đổi màu của máu chứng tỏ rằng quá trình nạp
