đạo của đế quốc Inca mới vừa bị suy yếu do tranh giành ngôi báu sau khi vua chết và những thành viên
quan trọng nhất của giới quý tộc Inca, có lẽ là do bệnh đậu mùa. Trong vòng hai năm, Pizarro đã bắt
được và hành quyết Atahualpa (1502?-1533), là vua của xứ này từ năm 1525 và Pizarro đã phá hủy các
nền móng của đế quốc Inca. Thành công của Pizarro rõ ràng là có sự tiếp tay tàn phá của những thứ bệnh
gây dịch đã xảy ra trước khi trực tiếp gặp người Âu. Một vụ dịch tai hại, có lẽ là đậu mùa, đã càn quét
vùng này vào giữa thập kỷ 1520, làm cho đế quốc trở thành miếng mồi ngon trước các kế hoạch chinh
phục Peru của Pizarro. Những vụ dịch sau đó, có lẽ là sốt chấy rận, cúm, đậu mùa và sởi, đã tàn phá
vùng này vào cuối thế kỷ 16. Vào thập niên 1550, con cháu các quý tộc Inca kể lại lịch sử và các truyền
thống của tổ tiên họ để cho những người chép sách như Juan de Betanzos ghi lại ký ức mà sau này được
xuất bản dưới hình thức Truyện kể của người Inca.
Không giống người Maya và Aztec, người Inca không xây dựng hệ thống chữ viết, nhưng các vị “ghi
nhớ” chuyên nghiệp đã mã hóa và ghi lại các thông tin bằng quipu (hoặc khipu), tức là những khúc dây
nhiều màu sắc được thắt nút. Các nhà chinh phục và truyền giáo người Tây Ban Nha, do nghi ngờ rằng
quipu có thể chứa các tài liệu về tôn giáo và lịch sử của người Inca, cũng như các ghi chép trần tục hơn
về tài chính, nên đã cho đốt toàn bộ thư viện quipu. Các nhà khảo cổ học lúc đầu cho rằng quipu là
những bảng tính bằng vải hoặc dụng cụ để nhắc nhớ, nhưng một số học giả tin rằng một số quipu phức
tạp có thể chứa nhiều thông tin hơn là các số liệu tài chính và thống kê dân số. Nếu quipu chép lại được
lời nói cũng như số thì đây là một hệ thống chữ viết độc đáo, nhưng khả năng này vẫn là chủ đề tranh
cãi. Không có “phiến đá Rosetta” nào được phát hiện cũng như không có quipu nào được giải mã.
Các nhà khảo cổ học đang thu thập nhiều thông tin mới về nền văn minh Inca qua các cuộc thám sát
những nơi thiêng liêng và các thành phố bị chôn vùi mới được phát hiện gần đây, cũng như qua các phân
tích những đồ tạo tác và hài cốt tại các địa điểm khảo cổ nổi tiếng như Machu Picchu. Năm 1911, Hiram
Bingham III phát hiện Machu Picchu, một đô thị cách Cuzco 50 dặm. Bingham phổ biến từ “thành phố
bị lãng quên” qua những quyển sách đầy uy tín của mình, Machu Picchu: Một pháo đài và một thành
phố bị lãng quên của người Inca. Machu Picchu có lẽ là một trong nhiều điền trang và nơi nghỉ dưỡng
thôn dã tư nhân của giới quý tộc Inca. Các hài cốt được các nhà khảo cổ học khảo sát cho thấy rằng có
nhiều gia đình đã sống và chết đi tại Machu Picchu. Tuy nhiên, qua các đồ dùng giản dị tìm thấy trong
mộ, chứng tỏ rằng hài cốt đó thuộc về những người làm việc tại điền trang hơn là của giới quy tộc chọn
nơi này làm chỗ ẩn dật. Qua những hài cốt cho thấy công nhân được nuôi dưỡng khá tốt, mặc dù chế độ
ăn của họ chủ yếu là bắp, và sâu răng khá phổ biến. Công nhân rõ ràng là từ nhiều nơi, vì xương sọ của
họ có hình dạng khác nhau. Nhiều nhóm dân tộc tạo ra các biến dạng sọ rất rõ bằng cách bó chặt đầu của
nhũ nhi.
Việc phát hiện một nghĩa địa cổ ở ngoại thành Lima, Peru, có lẽ phát hiện nhiều điều về cuộc sống, y tế,
bệnh tật, và tổ chức xã hội của người Inca hơn là việc phát hiện ra một “thành phố bị lãng quên” khác.
Sự khô cằn của vùng sa mạc duyên hải của Peru tạo nên điều kiện bảo tồn tuyệt hảo, mặc dù các thi thể
không được ướp xác. Năm 2003, các nhà khảo cổ học đã khai quật hài cốt của trên 2.000 người Inca,
nhưng nghĩa địa còn chứa nhiều ngôi mộ nữa cũng như các đồ tạo tác vô giá. Các xác ướp thuộc đủ các
thành phần xã hội và các nhóm tuổi. Nhiều xác còn nguyên tóc, da, mắt. Nhiều xác được chôn lại thành
từng bó, có bó chứa đến 7 xác và cân nặng khoảng 200kg. Trong những bó xác này, xác được bọc lại
bằng vải bông thô và đồ dệt theo từng lớp. Một số bó có người lớn và trẻ em, cũng như các đồ tùy táng
như dụng cụ, vũ khí, đồ gia dụng, đồ gốm, vải, dụng cụ để khâu và dệt, đồ trang sức và nhiều thứ khác.
