Một số xác ướp có kiểu tóc cho biết họ thuộc tầng lớp quý tộc. “Những chiếc đầu giả” (những chiếc túi
nhét đầy bông vải, lấy tóc bao lên trên), là một dấu hiệu khác cho biết địa vị cao trong xã hội, cũng được
tìm thấy trong khoảng 40 bó xác ướp. Các xác ướp được bảo tồn kỹ cũng được tìm thấy tại các nơi khác
ở Peru và Chile.
Các tượng bằng gốm tìm thấy tại các địa điểm khảo cổ cho thấy là người Inca bị bệnh Carrión giai đoạn
phát ban rất phổ biến. Các nhà quan sát người Tây Ban Nha mô tả bệnh này phù hợp với những tổn
thương phát ban ngoài da (Verruga peruana) của bệnh và giai đoạn cấp tính có sốt gọi là sốt Oroya. Vi
khuẩn gây bệnh Carrión có thể tìm thấy trên nhiều động vật nhỏ tại Nam Mỹ. Con người bị nhiễm qua
trung gian truyền bệnh là ruồi cát. Mãi cho đến thập niên 1870, khi hàng ngàn công nhân chết vì dạng sốt
cấp tính khi xây dựng tuyến đường sắt từ Lima đi Oroya, thì bệnh này là một trong nhiều bệnh gây sốt và
bệnh ngoài da còn bí hiểm tại các vùng nông thôn. Năm 1885, Daniel A. Carrión (18591885), chứng
minh tính đồng nhất cơ bản của bệnh Verruga peruana và sốt Oroya bằng cách lấy máu của một bệnh
nhân verruga tiêm vào chính mình. Ông ta chết vì sốt Oroya, là bệnh có tỷ lệ tử vong rất cao khi chưa có
kháng sinh. 10 năm sau, Ernesto Odriozola (1862-1921), công bố một ghi chép về các thí nghiệm của
Carrión, và lấy tên ông để đặt cho bệnh này. Bệnh ruồi cát (Leishmaniasis) có lẽ đã được mang tới châu
Mỹ theo con đường buôn bán nô lệ, nhưng một số tượng gốm ở Peru mô tả những khuyết tật ở mũi và
môi tiêu biểu cho một bệnh địa phương, bệnh uta, hoặc bệnh ruồi cát châu Mỹ.
Kiến thức y học và thực hành phẫu thuật, cũng như sự tổ chức cộng đồng y học của người Inca rõ ràng là
đã đạt đến mức độ cao. Một nhóm các thầy thuốc ưu tú cha truyền con nối phục vụ cho Hoàng đế Inca,
còn các thầy thuốc, phẫu thuật viên khác, thầy thuốc chữa bệnh bằng thảo dược, và thầy lang phục vụ
cho đại chúng. Các phương pháp điều trị gồm có thuốc thảo dược, tắm, trích máu, xoa bóp, điều trị vết
thương nhiều loại và nhiều thứ khác. Ngoài việc xử lý vết thương, gãy xương và trật khớp, các phẫu
thuật viên Peru còn thực hiện các cuộc mổ lớn chẳng hạn như cắt chi và khoan sọ, có lẽ với sự giúp sức
của lá coca. Hàng ngàn chiếc sọ bị khoan tìm thấy tại các địa điểm khai quật, là những bằng chứng hùng
hồn chứng tỏ tài nghệ mổ xẻ của các thầy thuốc thổ dân châu Mỹ.
Coca, một loại cây bụi được người Inca coi là thiêng liêng, từ đó trích ra cocaine và các alkaloid khác.
Các nhà quan sát thế kỷ 16 ghi nhận rằng thổ dân Peru trồng cây coca trong rừng trên dãy Andes, lấy lá,
rồi trải ra trên vải phơi khô ngoài nắng. Lá khô được đem trộn với tro bếp hoặc vôi sống và đem nhai để
chống mệt mỏi, làm bớt buồn ngủ, làm đầu óc hưng phấn và giúp cho cơ thể chịu được những hoàn cảnh
cần phải gắng sức mặc kệ đói, khát, hoặc lạnh. Lá coca trộn với thuốc lá và những chất khác có thể tạo ra
một trạng thái say thuốc. Các nghiên cứu hiện đại về sinh lý học ủng hộ tín niệm truyền thống cho rằng
thổ dân da đỏ ở Peru sử dụng lá coca vì lẽ thứ lá này giúp cho cơ thể thích ứng tốt hơn khi bị đói, lạnh và
mệt mỏi ở độ cao.
Trong những năm 1860, một nhà ngoại giao Mỹ đến viếng Cuzco, tại đây ông sưu tập được một số đồ cổ
ngoạn trong đó có một chiếc sọ người bị khoan, ông ta bèn gởi cho Paul Broca (1824-1880), là một nhà
nhân chủng học người Pháp. Ý kiến của Broca về chiếc sọ trong hội nghị của Hội nhân chủng học Paris
năm 1867 đã kích thích việc tìm kiếm nhiều ví dụ khác về phẫu thuật thời tiền sử. Những chiếc sọ bị
khoan về sau được tìm thấy tại châu Mỹ, châu Âu, châu Phi và châu Á, đã dẫn đến những cuộc tranh
luận phải chăng kỹ thuật này được một nền văn hóa phát triển rồi phổ biến sang nơi khác hoặc tiến hóa
một cách độc lập tại từng vùng riêng biệt. Nguồn gốc của các hình thức khoan sọ khác nhau vẫn còn
