Trong một chừng mực thực tế hơn là triết lý, nhiều lập luận về bản chất của virus đã trở nên lỗi thời khi
các nhà nghiên cứu trong thập niên 1930 và 1940 đem các kỹ thuật hóa sinh mới để xem xét vấn đề này.
Đến thập kỷ 1940, các nhà hóa sinh phát hiện rằng các phân tử lớn sinh học thật ra quá phức tạp. Những
tiến bộ trong ngành hóa sinh đã củng cố quan niệm cho rằng virus là một thực thể phức tạp nằm ở mức
lưng chừng giữa tế bào, gene và phân tử. Vì vậy, virus có thể được coi là những hạt nhỏ gồm một vỏ bọc
bằng protein và một nhân bên trong là nucleic acid, nhân này có khả năng xâm nhập vào tế bào ký chủ và
chiếm lấy bộ máy chuyển hóa của tế bào này. Đề cập tới virus là thứ gì và chúng thuộc vào nơi nào trong
hệ thống sinh vật của cây cỏ và động vật, vi sinh vật và đại phân tử, trên chất sống và chất trơ, nhà vi
trùng học người Pháp, André Lwoff (1902-1994), đã chú giải một câu nổi tiếng của nhà văn Gertrude
Stein, dường như là câu trả lời phù hợp nhất: “Nên coi virus là virus bởi vì virus là virus”.
Những câu chuyện về Dự án Bộ gene con người thường được in trong báo chí phổ thông và nhật báo.
Ngược lại, việc giải trình tự các bộ gene của vi sinh vật ít gây sự chú ý. Việc nghiên cứu bộ gene có thể
đưa ra nhiều ứng dụng thực tế để chế tạo tốt hơn vaccine, các thực phẩm và nước giải khát lên men,
những chất bảo vệ sinh học, chất làm sạch môi trường, và sức khỏe tốt hơn. Mặc dù toàn bộ bộ gene của
khoảng 100 vi sinh vật đã được giải trình tự vào năm 2003, nhưng các nhà khoa học cho rằng thực ra
chúng ta biết còn rất ít về thế giới vi sinh vật.
Việc nghiên cứu về những bệnh mà tác nhân gây bệnh được gán cho virus chậm, giống như virus (viroid)
và prion cho thấy rằng những sinh vật vô hình, bí hiểm và có lẽ lắm đe dọa có thể đang tồn tại nhiều vô
kể trong thế giới dưới mức độ hiển vi. Khác với virus, các viroid dường như là những tác nhân gây bệnh
chỉ có một chuỗi phân tử RNA nhỏ, không có vỏ bọc protein. Từ năm 1971, khi Theodor O. Diener
(1921-) phát hiện rằng một tác nhân truyền nhiễm gây ra bệnh củ khoai tây có hình thoi (potato spin dle
tuber disease) là một tác nhân gây bệnh mới, chỉ có một chuỗi RNA trần trụi, đến năm 2001, có khoảng
30 loài viroid và hàng trăm biến thể đã được nghiên cứu. Những bệnh do viroid tấn công nhiều loại cây
cỏ, từ cây bơ avocado đến cây dừa, nhưng viroid cũng có mặt trong ung bướu và các bệnh khác của các
loài động vật. Dù rằng việc nghiên cứu viroid và những RNA nhỏ khác tạo nên nhiều thích thú, nhưng
vẫn còn nhiều câu hỏi chưa có câu trả lời như cách thức tăng sinh, cách di chuyển từ tế bào sang tế bào
và cách gây ra bệnh. Viroid đã từng được coi như là các hóa thạch tiến hóa và các tàn tích của sự tiến hóa
trước khi có tế bào, nhưng sự phát hiện ra chúng đã kích thích việc nghiên cứu về cách tương tác giữa
các phân tử RNA xa lạ và các bệnh của con người.
Viroid được gọi là “những kẻ xâm nhập trần trụi” nhưng do chúng có chứa nucleic acid, cho nên dường
như chúng phù hợp với cái khung cơ bản, hoặc Học thuyết trung tâm (Central Dogma), của ngành sinh
học phân tử, tức là, dòng chuyển thông tin di truyền từ nucleic acid sang các protein. Prion, là tác nhân
truyền nhiễm kỳ dị nhất trong các tác nhân được phát hiện trong thế kỷ 20, đã thách đố Học thuyết Trung
tâm, cũng như ý kiến “virus là virus”, ít nhất trong các trường hợp bệnh mà trước đây được gán cho
“virus chậm”. Năm 1982, Stanley B. Prusiner (1942-) đặt ra thuật ngữ prion, viết tắt của chữ
“proteinaceous infectious particle” (những hạt nhỏ gây nhiễm có tính chất như protein). Những bệnh
được gán cho prion thuộc nhóm bệnh viêm não thể xốp lây truyền (transmissible spongiform
encephalopathies = TSE), tức là một bệnh thoái hóa của hệ thần kinh trung ương. Bệnh do Prion trên
động vật gồm có bệnh gãi (scrapie) ở cừu và dê, bệnh não lây truyền trên chồn vizon (mink), bệnh suy
mòn mạn tính trên nai, bệnh não xốp của mèo, và bệnh não xốp của bò, thường gọi là bệnh bò điên.
Những bệnh do prion ở người là bệnh Creutzfeldt-Jakob và một biến thể mới (vCJD) dường như có liên
