Thế là, mặc dù đạo Phật đã tạo nên một ảnh hưởng sâu rộng tại nhiều nước đã du nhập đạo Phật và y học
Ấn Độ, nhưng y học Ayurvedic vẫn gắn chặt với các truyền thống tôn giáo Hindu. Vũ trụ theo cách mô
tả của các tôn giáo Ấn Độ có kích thước vô cùng lớn và rất xa xưa, trải qua không biết bao nhiều chu kỳ
phát triển và tan rã. Nhân loại vướng vào chu kỳ vũ trụ này khi đầu thai vào các tầng cao hoặc thấp trong
hệ thống giai cấp (caste) phức tạp. Theo cách giảng giải của các thầy tu Bà La Môn, thì hệ thống giai cấp
của Ấn Độ phản ánh trật tự của tự nhiên gặp trong tụng ca sáng thế của kinh Độc thư Vệ Đà (RigVeda).
Phát xuất từ cái xác hiến tế để tạo ra thế giới, giai cấp Bà La Môn (tu sĩ) được sinh ra từ cái đầu; Sát Đế
Lợi (kshatriyas) bao gồm chiến binh và quý tộc sinh ra từ tay; Phệ Xá (vaisyas) bao gồm nông dân,
thương gia và thợ thủ công sinh ra từ bắp vế; và Thủ Đà La (sudras) bao gồm người hầu và nô lệ sinh ra
từ bàn chân. Từ 4 giai cấp chính trên tiếp tục phân chia ra hơn 3.000 đẳng cấp nhỏ hơn và cuối cùng là
những người Hạ Tiện (untouchables).
Xuất phát từ bên trong và sau đó vượt ra ngoài biên giới của khối tri thức thần thoại và các chiến trận
mang tính sử thi của các vị thần, người chinh phục và giai cấp, y học Ấn Độ đã hình thành qua ba giai
đoạn rõ rệt: thời tiền sử, thời Vệ Đà và thời Ayurvedic. Theo thần thoại đạo Hindu, thì Brahma, người
thầy đầu tiên của vũ trụ, là tác giả của Ayurveda (nghĩa là Khoa học của sự sống), là một trường ca bao
gồm một trăm ngàn bài tụng ca và là cội nguồn của mọi kiến thức liên quan đến thuốc và y học. Hiền giả
thần thánh Dhanvantari, người được sinh ra từ đại dương vũ trụ đã mang theo một lọ thuốc thần kỳ giúp
các vị thần bất tử, đã mang khối tri thức Ayurvedic dạy cho nhiều lớp trí giả trước khi được viết ra thành
chữ. Người ta cho rằng những văn bản còn sót đến ngày nay chỉ là cái bóng của kinh Ayurveda đã mất
vốn do đấng Brahma soạn ra.
Trong lúc không thể xác định được chính xác được ai là tác giả cũng như thời điểm soạn ra kinh Vệ Đà,
thì người ta cho rằng Độc thư Vệ Đà (RigVeda) đại diện cho các tài liệu của giai đoạn từ năm 4500 đến
2000 trước CN và Atharvaveda có lẽ bao gồm các tài liệu được soạn ra trong giai đoạn từ năm 1500 đến
1000 trước CN. Trong các tụng ca và thần thoại Vệ Đà, thần thánh và thầy thuốc chiến đấu chống lại các
thế lực ma quỷ và cử hành các nghi thức có tác dụng như các phương thuốc thần bí chống lại bệnh tật và
dịch bệnh. Tất cả các thứ thuốc, kể cả trên một ngàn cây cỏ làm thuốc được coi là có nguồn gốc từ trên
trời, dưới đất và trong nước. Mặc dù nguồn gốc của lý thuyết y học Ayurvedic còn chưa chắc chắn,
nhưng dược liệu của ngành y khoa này đã phát triển từ khối tri thức về thuốc từ thời Vệ Đà hoặc thậm
chí thời tiền sử nữa.
Bộ Vệ Đà chứa rất nhiều dẫn liệu về khối tri thức y học, giải phẫu học, vết thương, bệnh tật, thầy thuốc,
ma quỷ, thuốc, bùa mê và phù chú. Cùng với một hệ thống phức tạp các thần thánh, người theo đạo
Hindu cổ đại tin tưởng vào một loạt vô số các ma quỷ gây ra bệnh tật. Do bệnh tật là hậu quả của tội lỗi
hoặc do hành động của quỷ thần, cho nên muốn chữa khỏi đòi hỏi sự thú nhận, thần chú, cầu đảo và trừ
tà. Các thầy thuốc Vệ Đà soạn các món thuốc thảo dược và bùa chú để chống lại các quỷ thần gây nên
bệnh sốt, gãy xương, vết thương và vết cắn có nọc độc. Các phương thuốc và các kỹ thuật mổ xẻ chuyên
biệt chỉ có hiệu lực điều trị khi được kết hợp với nghi thức cúng bái phù hợp, nhưng vai trò của thầy
pháp, thấy thuốc và mổ xẻ trong chừng mực nào đó không hề giống nhau. Thầy mổ xẻ điều trị các vết
thương và vết rắn cắn, múc con mắt bị tổn thương, rút mũi tên, cắt bỏ chi và gắn chân giả cho người
bệnh. Nếu những xương sọ được phát hiện tại hai địa điểm khai quật vùng Harappa là đại diện của một
truyền thống thất truyền, thì các thầy thuốc ngoại khoa người Ấn cũng đã thực hiện kỹ thuật khoan sọ.
