Tân Giám đốc FBI Robert Mueller, người nhận nhiệm sở chỉ một tuần trước
vụ khủng bố, đã kêu gọi tái cấu trúc và hoạt động của FBI. Ông đã đặt tất cả
các tội liên bang lên hàng ưu tiên, bao gồm chống khủng bố, ngăn chặn tình
báo nước ngoài, chú tâm vào các mối đe dọa an ninh mạng, tội phạm công
nghệ cao, bảo vệ dân quyền, tuyên chiến với tham nhũng công, tội phạm có
tổ chức, tội phạm ‘cổ trắng’ và các trọng tội liên quan đến bạo lực khác.
18.02.2001 Robert Hanssen bị bắt giữ khi đang bán tài liệu mật cho chính
phủ Nga. Thông tin sau đó cho biết Hanssen là nhân viên cao cấp của FBI
bán thông tin tình báo từ đầu 1979. Ông ta bị kết tội phản bội và bị kết án tù
chung thân vào năm 2002, vụ việc cho thấy vẫn còn nhiều kẽ hở bên trong
nhân sự của FBI. Có tin đồn cho biết Hanssen đã cung cấp thông tin dẫn đến
vụ khủng bố 11/09.
Ủy ban 11 tháng 9 đã ra thông cáo vào ngày 22 tháng 7 năm 2004 tuyên bố
FBI và Cơ quan Tình báo Trung ương (CIA) đã không tham khảo thông tin
tình báo về sự kiện có thể dẫn đến vụ khủng bố 11 tháng 9 năm 2001. Bản
báo cáo cũng chỉ trích rất nhiều khi Cục đã không hoàn thành đúng nhiệm
vụ được giao và yêu cầu phải có sự thay đổi bên trong FBI. Trong khi FBI
đã tán thành với hầu hết các ý kiến đề nghị, bao gồm cả việc Giám đốc Tình
báo Quốc gia sẽ giám sát Cục, thì một số thành viên của Ủy ban 11/09 vẫn
công khai chỉ trích FBI vào tháng 10 năm 2005 khi Cục chỉ thay đổi cho có.
Tháng 7 năm 2007, tờ ‘Washington Post’ xuất bản đoạn trích từ sách của
Giáo sư Amy Zegart thuộc Đại học Los Angeles - California mang tựa đề
Spying Blind: The CIA, the FBI, and the Origins of 9/11.
Tựa báo nêu tin các tài liệu cho thấy CIA và FBI đã làm lỡ mất 23 cơ hội để
phá vỡ âm mưu khủng bố 11 tháng 9. Lý do chủ yếu bao gồm: văn hóa bảo
thủ - chống sự thay đổi trong Cục, việc đề bạt không thích hợp và thiếu hợp
tác giữa hai cơ quan CIA và FBI với các cơ quan khác trong Cộng đồng
Tình báo Hoa Kỳ. Bài báo cũng chỉ trích tính tập trung hóa của FBI dẫn đến
sự thiếu hiệu quả trong liên lạc và hợp tác giữa các văn phòng FBI khác
