9. Trong phong trào này, có 435 người phải chịu án, trong đó có những cái
tên rất quen thuộc của phong trào Duy tân nói chung và Đông Kinh Nghĩa
Thục nói riêng: Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng, Tiểu La Nguyễn
Thành, Trần Cao Vân, Trần Quý Cáp, Ngô đức Kế... Cụ Trần Quý Cáp bị
xử chém ngang lưng ngay tại Nha Trang. Phan Châu Trinh ban đầu bị kết
án tử hình, sau hạ án xuống còn mức đi đầy ra Côn Đảo. Phan Bội Châu bị
tử hình vắng mặt. Sau sự kiện này, tờ Đại Việt Tân báo cũng bị đóng cửa.
Sau vụ Hà Thành đầu độc, nhiều thành viên của Đông Kinh Nghĩa Thục đã
bị đưa ra xét xử và bị kết án. Nguyễn Quyền, Lê Đại, Vũ Hoành bị án
chung thân khổ sai, Dương Bá Trạc 15 năm tù, Hoàng Tăng bí ban đầu bị
kết án đi đày ra Côn Đảo 5 năm sau đó nhờ sự can thiệp của nhạc phụ là
Thượng thư Bộ học Cao Xuân Dục nên án giảm xuống, chỉ bị đưa an trí ở
Huế.
Lương Văn Can cũng bị triệu vào đồn để thẩm tra. Theo Nguyễn Hiến Lê,
cụ Cử Can được mời vào dinh tổng đốc Hà Đông Hoàng Trọng Phu. Vốn
cũng xuất thân từ giới nho sĩ, Hoàng Trọng Phu cũng phải nể vì một người
dám từ chối lộc quan như cụ Cử Can, nên cách đón tiếp có phần trịnh trọng.
Viên tổng đốc khuyên cụ khai ra mọi chuyện. Lương Văn Can với vẻ khoan
thai của một thục trưởng, ôn tồn đáp: “Chúng tôi mở Nghĩa Thục để giúp
chính phủ khai hóa dân trí, và chính phủ đã cho phép. Từ khi chính phủ rút
phép thì chúng tôi thôi, không hoạt động gì cả.” Việc hai con xuất dương
được lôi ra làm bằng chứng buộc tội, cụ cử Can bình tĩnh giải thích, rằng
việc hai con trốn ra nước ngoài, cụ đã thông báo rộng rãi ở nhật trình Tây.
Nhờ những lý lẽ rất sắc sảo, hợp lý và vẻ ung dung của một nhà nho đáng
kính, viên tổng đốc này buộc phải để cụ về.
Sự tổn thất về lực lượng còn kéo theo sự tổn thất về kinh tế. Một loạt các
hội buôn danh tiếng được thành lập trong phong trào Duy Tân và do các
thành viên Đông Kinh Nghĩa Thục khởi dựng ở Hà Thành như Đồng Lợi
Tế, Tụy Phương, Đông Thành Xương, Hồng Tân Hưng bị đóng cửa.