Để bảo đảm một cách đắc lực sự thống trị tập quyền Trung ương, tăng
cường sự thống nhất tập trung của quân quyền, Hốt Tất Liệt đã tiến hành
cải cách chế độ quân sự. Ông chia phòng vệ quân sự ra làm hai hệ thống
lớn: tức quân Túc Vệ và quân Trấn Nhung. Quân Túc Vệ, do quân Khiếp
Tiết và Thân quân thị vệ tổ thành. Hốt Tất Liệt tiếp thu kiến nghị của bọn
Sử Thiên Trạch, Diêu Khu v.v... phỏng theo cách trong nặng ngoài nhẹ của
Hán, Đường, Tống điều động quân tinh nhuệ, tổ thành Ngũ vệ thân quân
dùng để bảo vệ kinh đô, để tăng cường lực lượng Trung ương. Quân Khiếp
Tiết do hoàng đế hoặc đại thần thân tín trực tiếp chỉ huy; Thân quân thị vệ
thuộc vào Khu mật viện; quân Trấn Nhung chia làm năm loại: quân Mông
Cổ do người Mông Cổ, người sắc mục tổ thành; thám mã xích quân do các
tộc phương Bắc ngoài người Mông Cố và sắc mục ra (như Khiết Đan, Nữ
Chân...) tổ thành; Hán quân do người Hán phương Bắc tổ thành; Tân phủ
quân do người Hán phương Nam tổ thành; ngoài ra các nơi còn có yêu
quân. Bọn họ phân biệt phụ trách trấn giữ các nơi trong cả nước, lệ thuộc
vào Khu mật viện hoặc Hành khu mật viện. Khu mật viện chịu trách nhiệm
trực tiếp với Hốt Tất Liệt.
Để thích ứng với cải cách thể chế, Hốt Tất Liệt còn tiến hành điều chỉnh
quan hệ sản xuất chủ yếu có: 1. Trọng nông. Sau khi chủ quản đất Mạc
Nam Hán, Hốt Tất Liệt hiểu được nông tang do chịu sự phá hoại của chiến
tranh và chư hầu trưởng lại, nên đã tạo thành cục diện nghiêm trọng “Hán
địa bất trị” và nhận thức được ý nghĩa quan trọng của việc trọng nông. Vì
thế ngay từ Bảo Hựu năm thứ hai (năm 1254) khi Hốt Tất Liệt làm Vương
Tần Trung, đã cử Diêu Khu làm khuyến nông sứ “dạy dân trồng cấy”, Cảnh
Định nguyên niên lúc mới lên ngôi, trong “chiếu đầu gửi thiên hạ” đã nói:
Nước lấy dân làm gốc, dân lấy ăn mặc làm gốc, ăn mặc lấy nông tang làm
gốc. Đồng thời “Lệnh cho tuyên phủ ty các hộ chọn người am hiểu việc
nông, cho làm quan khuyến nông”. Cảnh Định năm thứ hai (năm 1261)
“lập Ty khuyến nông, lấy tám người Trần Thuý, Thôi Vũ... làm sứ”. Đồng
thời liên tục nhắc nhở ra lệnh lấy năm hạng mục “hộ khẩu tăng, ruộng đồng
tăng, tố tụng giảm, trộm cướp ít, sưu dịch công bằng” làm tiêu chuẩn khảo
