Thiên Thông năm thứ năm (năm 1631), Hoàng Thái Cực căn cứ vào kiến
nghị của quan nhà Hán, phỏng theo chế độ triều Minh, thiết lập sáu bộ, lấy
Bối Lặc quản việc bộ. Khi gặp mặt đại thần sáu bộ, Hoàng Thái Cực yêu
cầu họ vì việc công giữ pháp luật, phải theo ý chỉ của Hoàng Thái Cực mà
làm việc. Thiết lập sáu bộ có hai dụng ý, một là tăng cường quân quyền, hai
là thay đổi thói quen cũ của quí tộc Mãn Châu ngày trước bàn việc không
có chương trình nhất định, chuẩn bị cho việc sau này xây dựng chính quyền
cả nước. Vì thế, Hoàng Thái Cực còn lập Văn quán, mọi tấu chương đều ra
vào ở đó, ra sức bổ nhiệm quan chức người Hán. Sau đó, ông đã đổi Văn
quán làm Nội tam viện (Nội quốc sử viện, Nội bí thư viện, Nội hùng văn
viện) giống như Nội các của triều Minh. Việc thiết lập sáu bộ đã làm cho
chính quyền Hậu Kim tiến một bước lớn trong quá trình phong kiến hóa,
đồng thời do “mỗi Ty có chức trách của mình, việc không để lại” nên hiệu
suất hành chính nâng cao rất nhiều, vì thế đã có quan chức Hán cho là “do
đó mà tiến lên, sự nghiệp đế vương, lo gì không thành”.
Kết thúc “Bát vương cùng cai trị”. Sau khi thiết lập sáu bộ, mặc dù quân
quyền được tăng cường, nhưng quyền uy của hoàng đế vẫn chưa hoàn toàn
bao trùm lên các Bối Lặc, đặc biệt là với các Đại Bối Lặc quyền thế lừng
lẫy cành làm như vậy. Hoàng Thái Cực còn suy tính làm thế nào để kìm
hãm thế lực ba Đại Bối Lặc.
Thiên Thông nguyên niên (năm 1627) Bối Lặc thứ hai, A Mẫn “ôm chí
khác” do hâm mộ cung điện mà hoàng đế triều Minh và quốc vương Triều
Tiên đã ở, từng có ý muốn lưu quân đội đóng tại Triều Tiên, muốn dựng
ngọn cờ khác. Lúc đó, Hoàng Thái Cực vừa mới lên ngôi, nên nín nhịn
không đánh. Thiên Thông năm thứ tư (năm 1630) A Mẫn tự ý rút bỏ bốn
thành, lại ngồi để các Bối Lặc khác quỳ lạy, “như là vua nước lớn”. Thế là
Hoàng Thái Cực buộc cho A Mẫn 16 tội lớn, giam vào ngục, và sau đó chết
trong ngục.
Tháng tám, Thiên Thông năm thứ năm (năm 1631), Bối Lặc thứ ba,
Mãng Cổ Nhĩ Thái nhân việc sai khiến nhân viên mà sinh ra tranh chấp với
Hoàng Thái Cực. Mãng Cổ Nhĩ Thái chất vấn Hoàng Thái Cực: “Hoàng
