Dãy nhà phía bên phải chính điện là nơi làm việc của Ban trị sự Nhị Phủ
miếu. Dãy nhà bên trái là nơi đặt điện thờ Quan Công, Quan Thế Âm bồ
tát và hai bàn thờ nhỏ hơn một thờ bà Chúa Sanh (Chúa Sanh nương
nương) và bà phu nhân Hoa Phấn (Hoa Phấn phu nhân). Những di tượng
nơi các điện thờ, bàn thờ ở gian bên trái cũng gần giống với nhiều chùa
Hoa khác thờ Quan Công, Quan Thế Âm...
Bên trong chùa Ông Bổn, hiện còn lưu lại 10 cặp liễn bằng gỗ, 10 bức
hoành phi cũng bằng gỗ được sơn thếp chạm trổ rất khéo léo. Hầu hết
các liễn, hoành này có niên đại Quang Tự đời nhà Thanh tức được hoàn
thành vào cuối thế kỷ trước. Ngoài ra trong chùa còn hai quả chuông,
một bằng đồng và một bằng gang. Quá chuông đúc bằng gang có ghi
năm chế tạo ''Quang Tự nguyên niên" (tức năm 1875), với dòng chữ
''chúng thương đồng cúng" (do những người buôn bán cúng cho chùa).
Chuông này khá nặng và to lớn, nhà chùa không có giá treo, nên đành để
dãi dầu phong sương ở dưới đất góc chùa, cạnh lò đốt vàng mã. Một
chuông khác đúc bằng đồng, chuông dáng nhỏ, thanh thoát có ghi chữ
''Ất Dậu trọng thu'', có lẽ được đúc vào năm 1825.
Nhìn chung, kiến trúc và trang trí chùa Ông Bổn - Nhị Phủ miếu tương
đối đơn giản, nhưng vẫn tạo được không khí trang nghiêm của một cơ sở
tín ngưỡng, tôn giáo và thể hiện một phong cách đặc sắc văn hóa của
người Hoa ở thành phố. Việc chọn ông Bổn làm vị thần thờ cúng chính
của ngôi chùa cũng là một đặc điểm đáng lưu ý của tôn giáo, tín ngưỡng
của người Hoa ở Việt Nam nói chung.
Hàng năm, chùa Ông Bổn có nhiều ngày lễ hội lớn. Đặc biệt ngày lễ
chính của chùa là Rằm tháng Giêng và Rằm tháng Tám theo âm lịch.
Theo Ban trị sự của chùa, đó là ngày sinh và ngày mất của Ông Bổn. Lễ
vật cúng Ông Bổn thường là heo quay, heo sống, gà luộc, hoa trái, nhang
đèn v.v... Người Hoa, phần lớn là người gốc Phúc Kiến đem lễ vật đến
chùa cúng rất đông. Bà con người Hoa thường mua những vòng hương
thắp cúng treo khắp vòm trần chùa tỏa khói thơm nghi ngút suốt nhiều
tháng.
