Khi bỏ phiếu, Fouché nhận thấy Robespierre nhìn mình đầy ý nhị. Ông lập tức hiểu rõ
Robespierre đang hi vọng mình làm gì. Sau khi suy nghĩ một lúc, cân nhắc mức độ nặng nhẹ
của lợi ích, cuối cùng ông đã bỏ một phiếu mang tính mấu chốt: Xử tử Louis XVI.
Vài tháng sau, Fouché được bổ nhiệm làm quan chức địa phương ở Lyon. Chính ở nơi đây,
Fouché đã ý thức được rằng nội bộ quốc gia đang có những chuyển biến ngầm, nhân dân bắt
đầu căm ghét cuộc cách mạng đầy mùi máu tanh này, và hi vọng có thể sử dụng phương thức
đấu tranh hòa bình. Fouché kêu gọi dừng việc chém giết liên miên, từ đó giành được sự tín
nhiệm của nhân dân. Mọi người cho rằng, ông là một người lương thiện, nhân từ.
Robespierre không hài lòng với Fouché, cảm thấy mình đang bị phản bội liền lập tức gọi
Fouché về Pari, yêu cầu ông đưa ra giải thích. Fouché cảm thấy tiếp tục cùng đi trên con đường
với Robespierre chắc chắn sẽ có nguy hiểm. Fouché đã đánh hơi thấy cục diện đang thay đổi,
và biết mình cũng nên thuận theo chiều gió, đứng về phía phần lớn người dân.
Quả nhiên không lâu sau, Robespierre bị mọi người phản đối, cuối cùng bị xử tử giống Louis
XVI. Fouché lại đứng hàng đầu trong việc phản đối người bạn cũ Robespierre, chỉ trích sự tàn
nhẫn của ông ta. Vì vậy, ông giành được sự tín nhiệm của chính phủ mới, được phong làm đại
thần cảnh chính, cũng là người đứng đầu trong cơ quan tham mưu. Quyền lực của Fouché càng
trở nên lớn mạnh.
Cùng với những bước tiến trong sự nghiệp, khả năng phán đoán tình hình của ông cũng trở nên
càng nhạy bén hơn. Ông phát hiện, mọi người lại nảy sinh bất mãn với chính phủ mới.
Trong bầu không khí như vậy, Napoleon là một mẫu người được mọi người tín nhiệm. Fouché
chỉ thoáng qua đã nhìn ra, vị tướng quân trẻ tuổi với tính cách quyết đoán này rất mưu trí và
tài hoa. Ông ý thức được rằng, vận mệnh của nước Pháp tương lai sẽ nằm trong tay người
thanh niên này.
Ngày 9 tháng 11 năm 1799, Napoleon phát động đảo chính. Fouché thân làm đại thần cảnh
chính lại giả vờ ngủ say, ông ta đã ngủ suốt cả một ngày. Napoleon sau này rất trọng dụng ông,
vẫn để đảm nhiệm chức vụ đại thần cảnh chính của chính quyền mới. Fouché quả nhiên không
phụ sự kì vọng của Napoleon, ông hiểu sâu sắc khát vọng dùng vũ lực và quân sự để mở rộng
quyền lực của Napoleon. Vì vậy, khi đứng trước Napoleon, Fouché thường xuyên cổ vũ dùng
bạo lực đối phó với nhân dân và sự uy hiếp của thế lực nước ngoài. Napoleon càng ngày càng
tin tưởng Fouché, cũng ngày càng dựa dẫm vào ông ta.
Nhưng, biện pháp quân sự quá đỗi khắc nghiệt của Napoleon bắt đầu vấp phải sự kháng cự.
