Trong hai năm 1945 và 1946, có trên 10.000 chức sắc và tín đồ đạo Cao
Đài bị thảm sát, điển hình nhất là các mồ chôn tập thể 4000 giáo hữu tại
Quảng Ngãi và mồ chôn tập thể tại Trà Cao Tây Ninh.
Sau khi chiếm được miền Nam Việt Nam, Việt Cộng cho ngay một Trung
đoàn chiếm đóng Tòa Thánh Tây Ninh và phong tỏa các vùng phụ cận, lục
soát toàn bộ khu vực này. Sau đó, Việt Cộng đã bắt đi những chức sắc quan
trọng của đạo Cao Đài như Phối Sư Trần Quang Vinh, Chánh Phối Sư
Thượng Nhã Thanh, cựu Thiếu Tướng Trần Tấn Mạnh và 25 vị chức sắc
khác đưa đi cải tạo. Phối Sư Trần Quang Vinh bị chết trong tù. Việt Cộng
đã giấu xác Ngài không cho thân nhân và tín đồ nhận về.
Tiếp theo, Việt Cộng cho bỏ vũ khí vào đằng sau Điện Giáo Tông rồi mở
cuộc lục xét bắt Bảo Đạo Hồ Tấn Khoa và những người cư ngụ trong nội
thành Tòa Thánh Tây Ninh, truy tố về tội tàng trữ vũ khí bất hợp pháp và tổ
chức chống chính quyền, rồi đưa ra xét xử trước Tòa án Nhân Dân được
thiết lập tại sân vận động Long Hoa. Hàng ngàn tín đồ đã bao vây sân vận
động và khóc òa lên, Việt Cộng không thể xét xử được. Cuối cùng, Việt
Cộng phải đưa Ngài về quản thúc tại gia nhưng buộc Hội Đồng Chưởng
Quản phải giáng xuống hàng Đạo hữu. Hiền Tài Hồ Thái Bạch, con của
Bảo Đạo Hồ Tấn Khoa, bị bắt trong vụ Mặt Trận Phục Quốc tại Saigon
năm 1984 và đã bị xử bắn với Trần Văn Bá và Lê Văn Quân vào ngày
8.1.1985.
Mặt Trận Tổ Quốc Huyện Hòa Thành đã đưa Trương Ngọc Anh về tuyên
bố giải tán Giáo Hội Cao Đài và thành lập một Hội Đồng Chưởng Quản
mới đặt trực thuộc quyền chỉ đạo của Mặt Trận Tổ Quốc Huyện với dụng ý
giáng xuống cấp huyện. Tất cả các cơ sở của Giáo Hội được đặt dưới quyền
quản trị của một Ban Quản Lý Nội Ô Tòa Thánh.
Những chức sắc và đạo hữu của Giáo Hội trên toàn miền Nam Việt Nam
chống lại việc giải tán Giáo Hội đã bị bắt giam và truy tố về tội chống đối
chính quyền. Sau đây là các vụ điển hình:
- Tại Đà Nẵng và Quảng Nam: Năm 1975: Phạt Nguyễn Hoàng Diệu 10
năm tù. Tháng 11 năm 1976: Kết án tử hình: Phạm Ngọc Trảng, Nguyễn
Thành Điểm và Đặng Ngọc Liêm. Phạt từ khổ sai chung thân đến 7 năm tù: