Trong thời Pháp thuộc, thực dân Pháp đã khuyến khích phong trào chấn
hưng Phật Giáo nên mạnh tông phái nào, tông phái đó cứ lập hội hay giáo
hội. Nhóm hoạt động mạnh nhất là nhóm An Nam Phật Học ở Huế, vì vừa
được chính quyền thuộc địa khuyến khích, vừa được triều đình nhà Nguyễn
giúp đỡ. Chính bà Từ Cung đã đỡ đầu cho hội này. Năm 1945, khi Việt
Cộng mới cướp chính quyền, các tăng sĩ Phật Giáo thộc nhóm An Nam
Phật Học lo vận động tham gia Hội Phật Giáo Cứu Quốc trong Mặt Trận
Việt Minh nên không nghĩ gì đến Phật sự. Sau khi Việt Cộng rút vào chiến
khu một số tăng sĩ rời bỏ hàng ngũ kháng chiến về sống ở thành thị mới bắt
đầu nghĩ đến thống nhất Phật Giáo để phát triển và đại diện cho Phật Giáo
Việt Nam tại các tổ chức Phật Giáo quốc tế.
Ngày 6.5.1951, một Hội Nghị Phật Giáo toàn quốc đã được tổ chức tại
chùa Từ Đàm Huế, gồm 53 đại biểu của một số tông phái Tăng Già và cư
sĩ, đã đi đến quyết định thống nhất Giáo Hội Việt Nam qua hai giai đoạn :
Giai đoạn đầu thành lập Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam với một Ban Trị
Sự Lâm Thời quy gồm 6 tập đoàn, 3 xuất gia và 3 tại gia. Giai đoạn hai sẽ
xóa bỏ các tập đoàn và sát nhập thành một Tổng Hội Phật Giáo duy nhất.
Hội Nghị cũng phê chuẩn việc đề cử Thượng Tọa Thích Tố Liên đại diện
ký tên xin gia nhập Hội Phật Giáo Thế Giới. Năm 1956, một Đại Hội Phật
Giáo thứ hai được triệu tập tại Saigon để bầu Ban Trị Sự thực thụ.
Tổng Hội đã có nhiều cố gắng để cải tổ các hoạt động của Phật Giáo Việt
Nam, nhưng các sinh hoạt của các tông phái vẫn còn mang tính chất riêng
rẽ. Trong cuộc tranh đấu lật đổ chế độ Ngô Đình Diệm, người ta thấy Phật
Giáo cũng chưa có một tổ chức rộng lớn. Lúc đầu chỉ có mấy tông phái ở
Huế và Trung Phần có trụ sở ở Huế đứng trong tổ chức tranh đấu. Về sau
phải lập Ủy Ban Liên Phái Bảo Vệ Phật Giáo để kết hợp đấu tranh.
Tuy đã tạo được mục tiêu đấu tranh hấp dẫn, nhóm Phật Giáo cực đoan
miền Trung vẫn chưa thu hút được tất cả các Giáo Phái và hiệp hội Phật
Giáo đứng vào Ủy Ban Liên Phái Phật Giáo. Nhiều giáo hội và hiệp hội
đứng ngoài hay chống lại cuộc chiến Ủy Ban Liên Phái như Giáo Hội Phật
Giáo Cổ Sơn Môn thuộc Tổ đình Giác Lâm, Giáo Hội Lục Hoà Tăng Trung