được chính quyền Đàng Trong tạo điều kiện cho đi khai mở những vùng đất
mới. Sự việc chúa Sãi lập hai trạm thu thuế ở Sài Gòn và Bến Nghé đánh
dấu việc chúa Nguyễn chính thức đặt chân tới vùng này. Đây là vùng rừng
rậm hoang vắng, nhưng cũng là địa điểm qua lại và nghỉ ngơi của thương
nhân Việt Nam đi Campuchia và Xiêm La. Chẳng bao lâu, vùng đất xung
quanh hai trạm thu thuế đã trở thành thị tứ trên bến dưới thuyền, buôn bán
tấp nập.
Những năm sau đó, ở Chân Lạp xảy ra cuộc tranh giành quyền lực liên
miên. Các phe phái đánh lẫn nhau thường phải dựa vào chúa Nguyễn, và họ
đều cắt đất để trả giá cho sự bảo trợ. Chúa Nguyễn cho lập các đồn binh, vừa
để hỗ trợ quân sự, vừa để thực thi nhiệm vụ lập làng chia xóm, tổ chức phố
chợ, thu thuế như một hình thức chính quyền bán chính thức...
Bấy giờ, người nhà Minh bên Trung Quốc bỏ nhà Thanh chạy sang ta rất
nhiều. Cuối năm 1679, chúa Hiền Nguyễn Phúc Tần cho phép các đoàn
người của Trần Thượng Xuyên vào Biên Hòa, Dương Ngạn Địch vào Mỹ
Tho. Đó là những vùng đất đã có lưu dân người Việt khai hoang lập ấp từ
đầu thế kỉ 17. Mỗi đoàn Minh hương gồm nhiều ngàn người, họ lập phố xá
buôn bán, cũng làm nghề nông nhưng ít hơn làm thương nghiệp. Nông Nại
đại phố (ở Biên Hòa) sớm trở thành một trung tâm thương mại có nhiều tàu
ngoại quốc tìm đến. Người Minh mau chóng được Việt hóa.
Năm 1693, vua Chămpa là Bà Tranh (Po Saot) tỏ ý đối nghịch, không
chịu tiến cống. Chúa Nguyễn Phúc Chu sai quan Tổng binh Nguyễn Hữu
Cảnh đem quân đi bắt về. Chúa đổi đất Chămpa thành Thuận Phủ (nay thuộc
Bình Thuận) và giao cho con cháu của Bà Tranh làm đề đốc trấn giữ. Bốn
năm sau, chúa đổi Thuận Phủ ra làm Thuận Thành trấn và dành cho người
Chăm cơ chế tự trị dưới sự bảo hộ của mình.
Năm 1698, chúa Nguyễn Phúc Chu lại sai Nguyễn Hữu Cảnh vào kinh lí
miền Nam. Tại những vùng lưu dân Việt Nam tự phát tới khẩn hoang lập ấp,
ông chia thành nhiều đơn vị hành chính: lấy xứ Đồng Nai làm huyện Phước
Long, dựng dinh Trấn Biên (Biên Hòa ngày nay); lấy xứ Sài Gòn làm huyện
Tân Bình, dựng dinh Phiên Trấn (tức Sài Gòn)... Mỗi trấn có lưu thủ quản
