Các chúa Nguyễn trị vì vùng lãnh thổ có bờ biển dài nên ngay từ đầu rất
chú ý đến thuỷ quân. Họ cũng đã có kĩ thuật riêng để đóng các chiến thuyền,
tuy nhiên xét về tương quan thì chúng quá nhỏ và chỉ bằng gỗ chứ không
phải sắt thép như tàu Tây dương. Thuỷ quân Nguyễn có nhiều loại chiến
thuyền kích thước khác nhau. Loại lớn dài 30 m, ngang 12 m, vỏ có ba lớp
trét bằng dầu rái nhào với sợi thực vật, trong khoang có phao làm bằng thao
tằm giống như tàu chạy buồm. Thuyền có 12 tay chèo chia làm ba cụm, mỗi
cụm bốn tay chèo ở hai bên mạn. Cụm một ở mũi thuyền, hai cụm kia bố trí
ở khoảng 1/3 thân. Các tay chèo không trực tiếp gạt nước mà phối hợp làm
quay hệ thống ròng rọc nối liền với quạt nước. Các quạt nước này vừa nâng
thuyền lên vừa đẩy thuyền đi giống như tàu thuỷ hiện đại. Sự phối hợp của
ba cụm tay chèo thông qua hệ thống ròng rọc có thể điều chỉnh hướng của
quạt nước làm thuyền lướt trên mặt nước với tốc độ cao và di chuyển linh
hoạt. Vật liệu làm thuyền hoàn toàn không dùng đến sắt thép, kể cả cánh
quạt, đinh chốt, vít. Các chi tiết đều gắn kết bằng mộng, chốt làm bằng gỗ
“xây”, rất bền chắc.
Toàn bộ thuỷ quân chỉ có một soái thuyền, dài 50 m, ngang 15 m.
Năm Quý Tị (1643), chúa Trịnh rước vua Lê đem đại binh vào bắc Bố
Chính (Nghệ An) chuẩn bị tấn công chúa Nguyễn. Đồng thời, ba chiến hạm
của ngoại binh cũng tiến vào cửa Eo (tức Thuận An, Phú Vang, Thừa Thiên
- Huế ngày nay).
Chúa Thượng Nguyễn Phúc Lan được tin, vội hội tả hữu nghị bàn chuyện
đối phó với tàu Tây dương. Quần thần đều bối rối vì chưa bao giờ đụng độ
với phương Tây, không ai dám chắc có thắng được không. Chúa bèn cho gọi
một người Hà Lan được dân cứu khỏi chết đuối khi gặp nạn đắm tàu do bị
bão, hiện giúp việc quân sự cho chúa. Được hỏi về sức mạnh của chiến
thuyền nước mình, ông ta hãnh diện trả lời:
- Tàu của người Hà Lan chỉ sợ mãnh lực và quân đội của Trời mà thôi.
Cảm thấy bị xúc phạm, chúa Thượng rất bất bình. Thế tử Nguyễn Phúc
Tần (sau là chúa Hiền) cũng tức lắm, xin được chỉ huy thuỷ quân đi đánh
giặc. Chúa chuẩn y và đích thân ra cửa Eo, lệnh cho thuỷ quân bơi thuyền ra
