Sau ngày đại thắng, Quang Trung gửi thư cho La Sơn Phu Tử, nhắc lại:
“Trẫm ba lần xa giá Bắc thành, Tiên sinh đã chịu ra bàn chuyện thiên hạ.
Người xưa bảo rằng: Một lời nói mà dấy nổi cơ đồ. Lời Tiên sinh hẳn có thế
thật.”
Quang Trung cho rước Nguyễn Thiếp vào kinh đô Phú Xuân. Vì tuổi già,
Phu Tử xin được làm việc ở gần quê nhà và liền được nhà vua cho về. Việc
trước nhất ông đảm nhận là làm chánh chủ khảo cuộc thi Hương đầu tiên
của triều Tây Sơn tại Nghệ An năm 1789. Nguyễn Thiếp cũng được giao tìm
chọn người hiền tài ra giúp vua giúp nước. Sau thể theo ý nguyện của Phu
Tử, Quang Trung giao cho ông lo việc giáo dục. Năm 1891 nhà vua ban
chiếu lập Sùng Chính viện và cử Nguyễn Thiếp làm Viện trưởng. Sùng
Chính viện được xây dựng ngay tại quê hương ông.
Trong một thời gian ngắn, Sùng Chính viện đã tiến hành dịch các trước
tác kinh điển từ chữ Hán sang chữ Nôm, như các bộ: Tiểu học, Tứ thư (gồm
32 tập) và các bộ Kinh Thi, Kinh Thư, Kinh Dịch...
Với mong muốn thiết lập kinh đô cho tân triều, vua Quang Trung giao cho
Nguyễn Thiếp giúp mình tìm đất. Mặc dù tuổi cao sức yếu, Phu Tử không
quản ngại lặn lội khắp nơi khảo sát địa hình địa vật. Cuối cùng ông đã chọn
được vùng đất giữa núi Kì Lân và núi Phượng Hoàng ở Nghệ An, là nơi địa
linh nhân kiệt. Đây cũng chính là quê tổ của Nguyễn Huệ và là nơi có thể
khống chế hai miền Nam Bắc. Nhà vua rất ưng và ban chiếu cho khẩn
trương xây dựng. Tiếc thay, công việc đang tiến triển thì nhà vua băng hà
nên phải bỏ dở. Dù giỏi lí số đến đâu, La Sơn Phu Tử không thể ngờ rằng
đức vua lại ra đi trước mình...
