Ngự sử rồi Đốc đồng Kinh Bắc (gồm Bắc Ninh và Bắc Giang ngày nay), sau
lại kiêm Đốc đồng Thái Nguyên. Là một mệnh quan của triều đình, Ngô Thì
Nhậm cũng là quan đồng triều, đồng chức với cha là Ngô Thì Sĩ, đúng như
câu thơ ông viết:
Nhất gia binh tượng liên tam trấn,
Vạn lí phong cương khống nhị thùy
Nghĩa là “Một nhà chỉ huy cả ba trấn/ Muôn dặm trông coi bờ cõi hai biên
thùy”.
(Vốn Ngô Thì Nhậm được chúa Trịnh Sâm rất yêu, gọi là “con tuấn mã
nơi biên thuỳ”).
Năm 1788, Nguyễn Huệ ra Bắc lần hai, xuống lệnh “cầu hiền” tìm kiếm
quan lại của triều cũ ra làm việc. Những người thức thời lần lượt ra làm
quan cho nhà Tây Sơn, trong đó có Ngô Thì Nhậm. Gặp được ông, Bắc Bình
Vương cả mừng nói: “Thật là trời để dành ông cho ta vậy”, và phong cho
ông chức Tả thị lang bộ Lại, sau thăng làm Thượng thư bộ này - chức vụ cao
nhất trong Lục bộ. Về phần mình, Ngô Thì Nhậm cũng đã không lầm khi
gặp được một vị minh quân đánh giá đúng tài năng và tâm trạng của ông.
Trước quần thần, nhà vua tuyên bố: “Ngô Thì Nhậm vừa là bầy tôi, vừa là
khách của ta.” Và Ngô Thì Nhậm đã không hề phụ ơn tri ngộ. Năm năm
làm việc dưới quyền vua Quang Trung đủ để sáng danh chính nghĩa của Ngô
Thì Nhậm tới muôn đời.
Cuối năm Mậu Thân (1788), mượn cớ Lê Chiêu Thống cầu viện, 29 vạn
quân Thanh kéo sang xâm chiếm Đại Việt, với chiêu bài diệt Tây Sơn dựng
lại nhà Lê. Lúc đó các tướng võ như Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân chủ trương
đánh, còn Võ Văn Dũng thì chỉ muốn lặp lại kinh nghiệm của Lê Lợi ngày
xưa là mai phục. Ngô Thì Nhậm đã bác bỏ cả hai ý kiến. Ông so sánh lực
lượng của hai bên, vạch ra sự khác nhau cơ bản của hoàn cảnh lúc này và
hoàn cảnh của thời Lê Lợi khi xưa. Cuối cùng, ông nêu mục tiêu chiến lược
là “toàn quân rút lui không bị mất một mũi tên, cho nó ngủ trọ một đêm rồi
lại đuổi đi”. Các tướng nghe theo, lui binh về giữ phòng tuyến Tam Điệp -
Biện Sơn (Ninh Bình) góp phần bảo toàn lực lượng, làm cho địch càng thêm
