Trần Quang Diệu từ Quy Nhơn vội mang quân ra cứu, bị quân Nguyễn
chặn đường, phải vòng qua đường Vạn Tượng (Lào). Tới Nghệ An thì thành
đã mất, quân sĩ bỏ chạy gần hết, vợ chồng Thái phó Trần Quang Diệu - Đô
đốc Bùi Thị Xuân bị bắt, Đại Tư đồ Võ Văn Dũng không biết trốn đi đâu.
Lấy lại được thành Đồ Bàn, tức đã làm chủ được từ sông Gianh đến Gia
Định, ngày 1 tháng Năm năm Nhâm Tuất (31-5-1802) Nguyễn Ánh đặt niên
hiệu là Gia Long, nhưng chưa lên ngôi. Nửa tháng sau, ông bắt đầu tiến
quân ra Bắc. Quân Nguyễn đi đến đâu, quân Tây Sơn tan rã đến đấy. Ngày
17 tháng Sáu năm Nhâm Tuất, tướng Nguyễn là Lê Văn Duyệt chiếm được
Thăng Long. Trước đó ít ngày, vua Cảnh Thịnh chạy đến Bắc Ninh thì bị bắt
ở chùa Thọ Xương, cùng với hai em là Quang Duy, Quang Thiệu; Quang
Thuỳ, người con lớn tuổi nhất của vua Quang Trung thắt cổ tự tử.
Ngày 21 tháng Sáu năm Nhâm Tuất (20-7-1802), vua Gia Long vào
Thăng Long, cử các tướng đi chiếm nốt các “ngoại trấn” như Cao Bằng,
Tuyên Quang, Lạng Sơn, Quảng Yên...
Nhà Tây Sơn (tên gọi chung triều đình của cả hai hoàng đế Thái Đức và
Quang Trung) hoàn toàn sụp đổ, sau một thời gian tồn tại quá ngắn ngủi
trong lịch sử dân tộc. Ngắn, nhưng đầy ắp biến cố với trang sử vàng chói lọi
chống ngoại xâm của hoàng đế Quang Trung.