Trịnh Kiểm đâu thể bỏ qua cơ hội. Ông lập tức chớp thời cơ, đem đại
quân tiến ra Bắc và lần đầu tiên chiếm được Thăng Long. Quân Mạc tan tác,
chỉ còn Mạc Kính Điển hộ giá chạy về Kim Thành (Hải Dương). Sau đó ông
quay trở lại, tập hợp quân sĩ các vệ chiến đấu với quân Trịnh. Trịnh Kiểm
thấy thế bất lợi phải lui binh về Thanh Hóa.
Mạc Kính Điển đón vua về kinh thành, chỉnh đốn lại triều chính, mộ thêm
quân lính, chủ động tiến hành nhiều cuộc hành quân đánh xuống Thanh Hóa,
Nghệ An. Không phải lần nào cũng đánh thắng, nhưng ông đã chuyển nguy
thành an, đẩy họ Trịnh vào thế bị động.
Mạc Kính Điển thông thạo đánh thủy. Ông đã nhiều lần đưa thuyền chiến
vượt qua cửa Thần Phù, đánh vào Thanh Hóa, Nghệ An. Trận đánh năm
1557, Kính Điển ngồi trên thuyền soái, trực tiếp chỉ huy các chiến thuyền
tiến đánh Tống Sơn, Nga Sơn. Khi đang thừa thắng đuổi theo quân Nam
triều, đoàn thuyền của ông bất ngờ bị phục kích, quân Trịnh từ hai bên bờ
sông nhất loạt phản công. Một viên tướng Trịnh nhìn thấy cờ soái, bèn nhảy
sang chém chết người lính cầm lọng. Mạc Kính Điển chỉ kịp nhảy xuống
sông. Ông ngụp lặn, lần mò vào được một hang núi. Suốt ba ngày đêm ông
phải nhịn đói, uống nước sông mà sống. Một đêm, Kính Điển thấy cây chuối
trôi qua cửa lạch, bèn ôm lấy tìm đường bơi về. Mấy hôm thì về được bến
Trinh Nữ, hạt Yên Mô (Ninh Bình). Vừa bước lên bờ thì ngã lăn ra bất tỉnh.
May được một người đánh cá ở đấy cứu thoát. Nhớ ơn người này, khi về
kinh ông phong thưởng rất hậu.
Tài năng của Mạc Kính Điển không thay đổi được tình thế. Vua Mạc
Phúc Nguyên khi đã trưởng thành muốn tự mình chấp chính. Nhưng vì thiển
cận và ưa nịnh, không chịu nghe lời can gián, nên các bậc trung thần ngày
càng lảng tránh. Mạc Kính Điển thì luôn bị thúc đi đánh Lê - Trịnh.
Mạc Phúc Nguyên làm vua được 18 năm thì mắc bệnh đậu mùa chết. Con
trai là Mạc Mậu Hợp mới hai tuổi được đặt lên ngai. Gánh nặng giang sơn
lại một lần nữa đè lên vai Mạc Kính Điển. Ông trao bớt việc cho em là Mạc
Đôn Nhượng trông coi, để tập trung lo việc quân cơ.
