Nguyễn Phúc Chu biển đất Chiêm Thành trở thành một khu tự trị với tên là
Thuận Thành Trấn, chúa Chăm được gọi là Trấn Vương. Nguyễn Hữu
Cảnh được cử làm trần thủ dinh Bình Khang (Khánh Hòa - Ninh Thuận
ngày nay) để coi sóc vùng đất này.
Tiến thêm một bước nữa, chúa Nguyễn Phúc Chu ra lệnh cho Nguyễn
Hữu Cảnh vào kinh lược xứ Đồng Nai. Đại nam thực lục chép lại: “Năm
1698. Thông suất Nguyễn Hữu Kính (tức Nguyễn Hữu Cảnh) kinh lược đất
Chân Lạp, chia đất Đông Phố, lấy xứ Đồng Nai làm huyện Phước Long
(nay thăng làm phủ), dựng dinh Trấn Biên (tức Biên Hòa ngày nay), lấy xứ
Sài Gòn làm huyện Tân Bình (nay thăng làm phủ), dựng dinh Phiên Trấn
(tức Gia Định ngày nay), mỗi dinh đều đặt các chức lưu thủ, cai bạ, kỷ lục
và các cơ đội thuyền thủy bộ tinh binh và thuộc binh. Mở rộng đất được
nghìn dặm, được hơn 4 vạn hộ, bèn chiêu mộ những dân xiêu dạt từ Bộ
Chính trở về Nam cho đến ở cho động. Thiết lập xã thôn phường ấp, chia
cắt giới phận, khai khẩn ruộng nương, định lệnh thuế tô dung, làm sổ đinh
điền. Lại lấy người Thanh đến buôn bán ở Trấn Biên lập làm xã Thanh Hà,
ở Phiên Trấn, lập làm xã Minh Hương. Từ đó người Thanh ở buôn bán đều
thành dân hộ (của ta).”
Nhưng đến năm 1699, vua Chân Lạp là Nặc Thu không quy phục, cho
đắp các lũy Bích Đôi, Nam Vang và Cầu Nam, cướp bóc dân buôn. Tháng
10, một lần nữa chúa sai Nguyễn Hữu Cảnh đi đánh dẹp.
Đại nam thực lục chép lại: “Khi quân ta đến lũy Bích Đội và Nam Vang,
Nặc Thu đem quân đón đánh. Nguyễn Hữu Kính mặc nhung phục đứng
trên đầu thuyền, vung gươm vẫy cờ, đốc các quân đánh gấp, tiếng súng
vang như sấm. Nặc Thu cả sợ, bỏ thành chạy. Nặc Yêm (con vua thứ hai
Nặc Nộn) ra hàng, Hữu Kính vào thành, làm yên lòng dân chúng.”
Sau khi vua Chân Lạp quy hàng, Nguyễn Hữu Cảnh tiến hành các việc
an dân, ông vỗ về mọi người, khích lệ dân chúng, một vùng đất Sài Gòn,
Đồng Nai với những người Khmer, Hoa hay Việt được ông đoàn kết lại, tạo
tinh thần tương ái.
