Phật tử đến chùa càng ngày càng đông. Vì vậy năm Nhâm Thân (1752), Thiền sư Linh
Nhạc với sự hộ giúp của bổn đạo đã dỡ bỏ am tranh, cất thành một ngôi chùa khang
trang, có đủ chánh điện, nhà Tổ, phòng khách... Thiền sư Linh Nhạc Phật Ý đặt tên chùa
là “Từ Ân” với ngụ ý là nhờ lòng từ bi và ân huệ của đức Phật mà bá tánh được bình an,
tạo được cuộc sống ấm no hạnh phúc nơi vùng đất mới và cũng nhờ lòng từ bi và ân huệ
của đức Phật, chư vị Hộ pháp mà tạo nên được cơ sở để truyền bá đạo pháp cho bá tánh.
Ngôi am của vị Sư gần đó cũng được sửa thành ngôi chùa khang trang với tên là
“Khải Tường” với ngụ ý là mở rộng phước lành cho bá tánh.
Chùa Khải Tường ở góc đường Lê Quí Đôn và Trần Quí Cáp, tức vị trí ở ngôi nhà
lớn dùng làm trường Đại học Y khoa; chùa Từ Ân ở vị trí chợ Đũi, thuộc quận 3 Sài Gòn
sau này.
Sau một thời gian hoằng hóa, vị Sư ở chùa Khải Tường viên tịch, Thiền sư Phật Ý
Linh Nhạc trụ trì luôn cả hai chùa. Do tài đức và nhiệt tâm hoằng pháp của Thiền sư Linh
Nhạc, hai chùa Từ Ân và Khải Tường trở thành hai ngôi chùa lớn và nổi tiếng ở phủ Gia
Định.
Trong khi hai chùa Từ Ân và Khải Tường phát triển rộng lớn, Thiền sư Linh Nhạc
Phật Ý được sự phụ giúp của Sư đệ trong tông phái Lâm Tế là:
- Thiền sư Thiệt Thành Liễu Đạt, cũng thuộc đời 35 như sư Linh Nhạc (đệ tử của
Hòa thượng Minh Vật Nhất Tri) được cử giữ chức Thủ tọa, lo điều khiển Tăng chúng
trong hai chùa. Nhưng sau khi Hòa thượng Minh Vật Nhất Tri viên tịch (năm 1786),
Thiền sư Liễu Đạt kính Sư huynh Linh Nhạc Phật Ý như thầy.
Ngoài ra, Thiền sư Phật Ý Linh Nhạc cũng đào tạo được một số đệ tử có trình độ
và đức hạnh để lo việc trong chùa:
- Thiền sư Tổ Tông Viên Quang: là trưởng tử của Hòa thượng Linh Nhạc, được
giao lo phụ trách việc giảng giải kinh điển cho đồ chúng trong chùa.
- Thiền sư Tổ Đạt Trí Tâm được trao chức Tri khách, lo việc tiếp khách và việc giao
dịch của chùa; sau được cử trụ trì chùa Khải Tường. Thiền sư Tổ Ấn Mật Hoằng sau thời
gian tu học ở chùa Từ Ân, được về trụ trì chùa Đại Giác ở dinh Trấn Biên (Biên Hòa) có lẽ
vào năm 1775, sau này còn được vua Gia Long mời ra kinh đô Huế hoằng hóa, được phong
chức Tăng cang chùa Thiên Mụ (1814-1817), trụ trì chùa Quốc Ân (do Tổ sư Nguyên
Thiều thành lập) cho đến ngày viên tịch (năm 1835).
- Thiền sư Tế Chánh Bổn Giác: Đệ tử của Thiền sư Thiệt Thành Liễu Đạt, được
Thiền sư Linh Nhạc giao chức Tri sự, lo việc điều hành nội bộ chùa Từ Ân.
Năm Nhâm Thìn (1772), Phật tử ở chùa Giác Lâm (Phú Thọ, Gia Định) đến chùa
Từ Ân xin Hòa thượng Linh Nhạc Phật Ý cử Tăng sĩ vào trụ trì chùa này. Chùa Giác Lâm
do cư sĩ Lý Thoại Long, người Minh Hương, quyên tiền bá tánh xây cất năm Giáp Tý
(1744). Hòa thượng Linh Nhạc cử Thiền sư Tổ Tông Viên Quang vào trụ trì chùa Giác
Lâm từ đó cho đến ngày viên tịch (1827).
Năm 1801, Nguyễn Vương chiếm lại được kinh đô Phú Xuân và sau đó chiếm
luôn cố đô Thăng Long, dẹp tan nhà Tây Sơn, thống nhất đất nước Đại Việt sau mấy thế
kỷ phân chia ly tán. Năm 1802, Nguyễn Vương lên ngôi lấy hiệu là Gia Long.
