Sau khi lên ngôi, vua Gia Long (1802-1820) sắc tứ trùng tu và ban thưởng cho
các chùa:
- Sắc Tứ Từ Ân Tự, Quốc Ân Khải Tường Tự, cấp lương tiền và mọi chi phí cho
Tăng chúng và sanh hoạt của hai chùa này, coi là hai chùa của quốc gia, dân thường gọi
là “chùa quan”.
- Vua sai quan trấn Trấn Biên (tỉnh Biên Hòa sau này) đem tượng binh và công
thợ trùng tu chùa Đại Giác. Sau đó Công chúa Ngọc Anh cũng tu hành ở chùa Đại Giác.
Vua ban y bát và sắc phong cho Thượng tọa Phật Ý Linh Nhạc làm Hòa thượng.
Năm 1814, vua Gia Long lại phong cho đệ tử của Hòa thượng Linh Nhạc là Thiền
sư Tổ Ấn Mật Hoằng làm Tăng cang chùa Thiên Mụ. Năm 1817, Vua lại cử Thủ tọa chùa
Từ Ân là Thiền sư Thiệt Thành Liễu Đạt làm Tăng cang chùa Thiên Mụ, thay thế cho
Thiền sư Mật Hoằng qua trụ trì chùa Quốc Ân. Sau đó, Vua lại ban cho Tăng cang Liễu
Đạt danh hiệu là Hòa thượng Liên Hoa. Đại lão Hòa thượng Linh Nhạc là bậc giác ngộ,
khoảng năm 1820-1821, dù Hòa thượng Linh Nhạc ở chùa Từ Ân (Gia Định) nhưng biết
việc ở xa, nên có nói với đệ tử là Thiền sư Viên Quang (trụ trì chùa Giác Lâm) là sợ cho
duyên trần ràng buộc Hòa thượng Liên Hoa đang hoằng hóa ở kinh đô Huế. Quả thật,
Hòa thượng Liên Hoa ở Huế đang bị Hoàng cô là Tế Minh Thiên Nhật thương mến và cố
kết gây nghiệp duyên oan trái.
Ngày 20 tháng 11 năm Tân Tỵ (1821), Minh Mạng nguyên niên, Đại lão Hòa
thượng Phật Ý Linh Nhạc viên tịch tại chùa Từ Ân, thọ chín mươi bảy tuổi. Khi Đại lão
Hòa thượng viên tịch có mùi hương ngát ở chùa. Chắc hẳn là Ngài đã đạt thành Chánh
giác.
Đồ chúng và quan chức Gia Định làm lễ an táng Đại lão Hòa thượng hết sức long
trọng, lập tháp trong khuôn viên chùa Từ Ân (trong khuôn viên vườn Tao Đàn ở Sài Gòn
ngày nay).
Đến năm Quí Hợi 1923, Thiền sư Hồng Hưng tổ chức lễ thỉnh hài cốt của Tổ Phật
Ý Linh Nhạc về chùa Giác Lâm và lập tháp mới bên cạnh tháp của Hòa thượng Tổ Tông
Viên Quang trong khuôn viên chùa Giác Lâm.
