những nét đậm nhất trong 20 năm đánh chiếm Java, một hải đảo quan trọng
bậc nhất trong quần đảo. Trước hết là tây Java lọt vào tay công ty Hòa năm
1752, trung Java năm 1755 sau khi các toán kháng chiến cuối cùng của tiểu
quốc Mataram bị dẹp tan, và đông Java vào năm 1772. Các công ty Hòa đã
triệt để khai thác tài nguyên thiên nhiên nhiên và nhân lực Indonesia, còn
quyền chính trị địa phương vẫn được duy trì bằng cách đặt các tiểu vương
bù nhìn để trấn an dân chúng.
Sang đầu thế kỷ 19, vì ảnh hưởng trận Âu chiến do Napoléon gây nên, Hòa
đã bị Anh thế quyền thống trị ở Java từ 1811 đến 1816. Khi Anh trao trả lại
cựu thuộc địa cho Hòa theo hiệp ước hậu chiến giữa hai nước, thì công ty
Đông Ấn mất hẳn quyền hành, việc cai trị được chuyển qua chính phủ
Hoàng gia.
Cũng ngay thời đó, Java đã trải qua 5 năm (1825-1830) đấu tranh mưu đồ
lật đổ chế độ thuộc địa do Diponegoro, hoàng thân đất Jogjakarta cầm đầu.
Dân chúng đã nổi dậy vì bị bóc lột quá sức, nên khi chiếm được vùng nào
quân khởi nghĩa bèn tàn sát tức khắc những kẻ thâu thuế tàn bạo gồm người
Âu và người Tàu
tại địa phương. Về sau, người Hòa mưu bắt
Diponegoro trong một cuộc điều đình và đem đày ông ta ở nam Sulawesi.
Indonesia tiếp tục sống im lìm trong nô lệ, mãi tới đầu thế kỷ 20 ảnh hưởng
bởi các phong trào quốc gia Á Châu, nhất là cuộc nổi dậy chống Tây Ban
Nha của dân Phi do Aguinaldo lãnh đạo, những phần tử trí thức trong nước
mới bắt đầu tụ tập lại thành đoàn thể để hoạt động cứu quốc. Tuy nhiên
những phong trào đầu tiên mới chỉ thâu hẹp trong phạm vi văn hóa và kẻ
tiền phong phải được kể đến trước hết là công chúa Raden Adjeng Kartini
xứ Jepara. Bà đã hô hào cải tổ nền giáo dục bản xứ theo Tây phương, và
nhất là đã đẩy mạnh công việc giáo dục phụ nữ. Theo chân bà, bác sĩ
Wahidin Soedirohoesodo cũng đứng ra thành lập hội Budi Utomo năm
1908 nhằm chấn hưng tinh thần quốc gia qua tổ chức học đường.