Cũng sau vụ tấn công chùa chiền, một số tướng lãnh gồm có Dương Văn
Minh, Trần Văn Đôn, Lê Văn Kim, thường đến gặp hai tướng Khiêm và
Đính tại Bộ Tổng tham mưu để thảo luận phương cách áp dụng lệnh giới
nghiêm thế nào cho quân đội ít bị dính líu đến âm mưu của ông Nhu nhất.
Ngày 5 tháng 9, hai tướng Đôn và Đính mà anh em nhà Ngô vẫn còn rất tin
tưởng, gửi tờ trình lên ông Diệm với hai đề nghị: một là bãi bỏ lệnh thiết
quân luật, và hai là tạm đưa ông bà Nhu ra nước ngoài để xoa dịu lòng quân
dân. Mấy ngày sau, ông Diệm cho gọi tướng Đôn vào dinh Gia Long quở
trách hai ông Đôn và Đính đã có nhiều tham vọng, đồng thời ông Nhu đã
bôi nhọ tướng Đính bằng cách tung cho báo chí biết tin tướng Đính xin làm
Bộ trưởng Nội vụ, rồi cho tướng Đính đi nghỉ ở Đà Lạt ít ngày với lý do
“tinh thần căng thẳng”.
Trước thái độ tham quyền cố vị và đầu óc ngoan cố đó, trước cuộc khủng
hoảng chính trị càng lúc càng đẩy miền Nam vào suy thoái, và trước nguy
cơ của một thỏa hiệp bất lợi và nguy hiểm với Cộng Sản, tướng Đôn quyết
định dứt khoát và cụ thể hóa thái độ chống đối của quân đội bằng một cuộc
chính biến mà mở đầu là một cuộc binh biến do quân đội phát động. Sau khi
vận động được tướng Tôn Thất Đính vào tổ chức để nắm vững Quân Đoàn
III và đặc biệt khu vực Sài Gòn–Gia Định, tướng Đôn bèn mở rộng tổ chức
bằng cách liên kết với các lực lượng quân, dân, chính khác. Đến đầu tháng
10 năm 63 thì các kế hoạch binh biến đã thành hình và lực lượng cách mạng
đã vững mạnh, chỉ còn chờ ngày phát động. Lúc bấy giờ bộ chỉ huy cuộc
chính biến mới bắt đầu giải quyết vấn đề người Hoa Kỳ.
Ngày 2 tháng 10 tại Nha Trang, tướng Đôn cho Conein biết quân đội quyết
định lật đổ chế độ Diệm; đồng thời đề nghị tướng Dương Văn Minh gặp
Conein. Ngày 5 và 10 tháng 10, Conein đến gặp tướng Minh và được biết
thái độ của lực lượng cách mạng đối với anh em ông Diệm cũng như đối với
người Mỹ. Đối với anh em ông Diệm thái độ được phản ánh bằng ba chọn
lựa: Chọn lựa thứ nhất là ám sát vợ chồng Nhu và Cẩn nhưng vẫn giữ lại
ông Diệm làm Quốc trưởng; chọn lựa thứ hai là bao vây Sài Gòn làm áp lực
đòi hỏi ông Diệm cải tổ chính sách và nhân sự; và chọn lựa thứ ba là đánh
tan Lực lượng Đặc biệt và Lữ đoàn Liên binh Phòng vệ Tổng Thổng phủ (cả