Tháng 7 năm 183, Tự Đức chết mà không để lại người kế vị Tại Huế, các
phe phái và bè đảng cắn xé lẫn nhau; chỉ trong vòng mấy tháng, ba vua
được tấn phong, trong khi các quan đại thần thì chia rẽ về kế sách cần phải
theo dõi với nước Pháp. Kẻ thì chủ trương kháng chiến vũ trang, người thì
theo phe thương lượng, một số phần tử lại công khai tính chuyện phản bội,
hợp tác với kẻ xâm lược. Thậm chí triều đình cũng không nắm được tình
hình những thắng lợi quân sự của các lực lượng Việt Nam ở Bắc Kỳ.
Lợi dụng tình hình lộn xộn này, Bộ chỉ huy Pháp tập trung lực lượng
đánh chiếm Đà Nẵng rồi tiến theo hướng thành phố Huế. Vừa nghe tiếng
súng đại bác của Pháp bắn vào cửa Thuận An - tiền đồn bảo vệ đường tiến
vào thủ đô, các quan đã vội vã ký kết với người Pháp, chấp nhận tất cả mọi
điều kiện của họ. Ngày 25 tháng 8 năm 1883, nước Việt Nam mất chủ
quyền, trở thành một xứ bảo hộ của Pháp. Giới quan lại chia thành 2 phe.
Nhiều người không tuân lệnh triều đình, xin từ chức để tiếp tục cuộc kháng
chiến, trong khi một số khác cúi đầu làm tay sai cho Pháp.
Vấn đề còn lại là những đội quân do Bắc Kinh phái sang. Triều đình Mãn
Thanh đã suy yếu, không muốn một cuộc chạm trán với nước Pháp; Paris
và Bắc Kinh thỏa thuận ký kết Hiệp ước Thiên Tân(ngày 11 tháng 5 năm
1884). Các quan phụ chính Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường vốn
chống lại hiệp định năm 1883, đành phải cam chịu xác nhận Hiệp ước bảo
hộ vào tháng 6 năm 1884. Tuy nhiên khi quân nhà Thanh rút qua cửa ải
Lạng Sơn, một sự cố xảy ra ở địa phương đã làm nổ ra xung đột giữa họ
với quân đội Pháp và những đơn vị của Pháp đã bị đánh bại. Bộ chỉ huy
Pháp liền mở một cuộc tiến công quy mô lớn chống Trung Quốc, đổ bộ
quân lên Đài Loan, bắn phá cửa biển Phúc Châu. Tháng 2 năm 1885, các
lực lượng Việt Nam hợp đồng tác chiến với quân Thanh đã giáng cho quân
Pháp một đòn thất bại mới ở Lạng Sơn.
Nhưng triều đình Bắc Kinh chẳng hề muốn kéo dài cuộc xung đột, ký
với Pháp một hiệp ước mới(ngày mồng 9 tháng 6 năm 1885) từ bỏ mọi
quyền kiểm soát đối với Việt Nam.