Giai đoạn thứ hai của cuộc kháng chiến
Việc vua Hàm Nghi bị bắt không chấm đứt phong trào yêu nước của
nhân dân. Tinh thần “trung quân” chẳng qua chỉ là biểu hiện của một chủ
nghĩa yêu nước đã cắm rễ sâu trong tâm trí của nhân dân và các nhà nho.
Các cuộc nổi dậy vẫn tiếp tục nổ ra ở nhiều tỉnh cho đến năm 1897.
Ở Thanh Hóa, nhà nho Tống Duy Tân tiếp tục cuộc chiến đấu sau khi Ba
Đình thất thủ, liên minh với người Mường, cho đến năm 1892. Khi ông bị
bắt, giặc giam ông trong một cái lồng, ông đã dùng cán bút lông của mình
tự rạch bụng mà chết. Vị phó tướng người Mường của ông là Cầm Bá
Thước tiếp tục cuộc chiến đấu đến tận năm 1895.
Ở Hà Tĩnh, nhà nho Phan Đình Phùng cùng với viên tướng của mình là
Cao Thắng đã tổ chức trong vùng Hương Khê một căn cứ kháng chiến
hùng hậu, phạm vi hoạt động của nghĩa quân bao gồm cả 4 tỉnh Quảng
Bình, Hà Tĩnh, Nghệ An, Thanh Hóa. Cao Thắng, một người xuất thân bình
dân, là một nhà chỉ huy quân sự lớn đã biết tổ chức các lực lượng của mình
một cách có hiệu quả và đã trang bị cho họ một loại súng trường được chế
tạo theo kiểu súng của Pháp năm 1874. Phong trào mở đầu năm 1885. Năm
1893, Cao Thắng cầm đầu quân của mình tiến về hướng tỉnh lỵ Nghệ An và
bước đầu đã đánh bật được nhiều đồn của giặc. Việc Cao Thắng tử trận khi
mới ở tuổi 29, đã làm cho cuộc khởi nghĩa bị ngưng lại đột ngột. Tuy nhiên,
người Pháp và bọn tay sai vẫn phải huy động đến 5.000 quân để “Tảo
thanh” khu vực. Năm 1896, Phan Đình Phùng chết vì bệnh lỵ và phong trào
tắt lịm dần.
Từ năm 1889 đến năm 1893, trong lưu vực sông Đà và thượng lưu sông
Hồng, sau khi Nguyễn Quang Bích chết và thủ lĩnh người Thái là Đào Văn
án chạy sang hàng giặc, quyền lãnh đạo phong trào chuyển vào tay Đề Kiều
và Đốc Ngữ.
