Các quan nhà Minh đòi vua Lê Thế Tông phải lên gặp họ. Trịnh Tùng
đành cử Hoàng Đình Ái, Nguyễn Hữu Liêu đem một vạn quân đi hộ giá.
Nhà Minh đòi phải nộp người vàng và ấn vàng như cũ, rồi không chịu
đến hội. Chờ không lâu được vua Thế Tông lại trở về.
Tháng tư năm sau, nhà Minh lại mở cuộc họp thứ hai cũng vẫn tại Nam
Quan. Lần này 5 vạn quân đi hộ vệ nhà vua cũng do Hoàng Đình Ái chỉ
huy, chừng e quan nhà Minh trở mặt bắt vua Lê chăng.
Cuộc đàm phán thành tựu vì phái đoàn của nhà Lê chịu nhận chức Đô
Thống Sứ và cử phái đoàn sang nộp cống tại Yên Kinh, sau này Phùng
Khắc Khoan còn dâng sớ cố nài nhà Minh phong vương cho vua Lê. Từ đó
hai nước có sự thông sứ như trước còn nhà Mạc thì được nhà Minh can
thiệp nên nhà Lê phải để cao bằng thuộc quyền nhà Mạc.
Năm Kỷ Hợi (1599) Trịnh Tùng tự Xưng làm Đô Nguyên Súy, Tổng
Quốc Chính Thượng Phụ Bình An Vương, chỉ cho vua Lê thu thuế 1.000 xã
gọi là lộc Thượng tiến và 5.000 lính làm quân túc vệ, 7 con voi và 20 chiến
thuyền. Rồi Trịnh Tùng lập phủ Liêu là một triều đình riêng gồm Lục Phiên
(cũng như lục bộ), tự quyền đặt quan, thu thuế, bắt lính và chỉ khi nào có
dịp long trọng đặc biệt mới mời vua ra để thiết triều hay tiếp sứ. Tóm lại
vua Lê chỉ còn hư vị, mọi quyền hành đều qua phủ Chúa hết. Từ đó chế độ
phong kiến toàn thịnh ở Việt Nam ra đời và con cháu nhà chúa được cả
quyền thế tập với danh vị là Thế Tử (thái tử là con vua, thế tử là con chúa).
Trước sự hống hách của Trịnh Tùng, vua Kính Tông (là con vua Thế
Tông, mất năm Kỷ Hợi (1599) húy là Duy Tân lên ngôi năm 1600 (niên
hiệu Thận Đức) không chịu nổi, nhân con Trịnh Tùng là Trịnh Xuân muốn
tranh quyền với anh cả là Trịnh Tráng liền mưu giết Trịnh Tùng. Công việc
bại lộ Trịnh Tùng bức vua thắt cổ giữ năm 32 tuổi.
Hoàng tử Duy Kỳ lên thay tức là Thần Tông.
