Nguyên, để làm nên những sự nghiệp oanh liệt. Nhưng lúc bấy giờ đang cuối triều nhả Nguyên, quan
trường rất hủ bại, quan viên đều tham ô, cả xã hội đang lung lay sắp sụp đổ. Dù vậy, Lưu Cơ vẫn
không cảm thấy nguy cơ bão táp sắp ập tới, và ngôi nhà đô sộ của triều nhà Nguyên sẽ sụp đổ tan tành.
Ông một mặt tự lấy mình làm gương, luôn giữ thanh liêm, một mặt đấu tranh thẳng thừng với bọn tham
quan ô lại. Nhưng ông ra làm việc chẳng bao lâu, thì bị người chung quanh ghét, tìm cách gièm pha và
bài xích, đưa đi chỗ khác. Ông đã vấp phải một trở lực to lớn khi vừa bước ra cuộc đời. Ít lâu sau, do
ông viết đơn tố cáo viên giám sát ngự sử không làm tròn trách nhiệm, nên đắc tội với thượng cấp bị
đuổi về nhà.
Dù lần đầu tiên gặp trở lực trong quan trường, nhưng vẫn không làm cho người trẻ tuổi đầy nhiệt tình
như Lưu Cơ chán nản. Trái lại, ông cho rằng do mình học thức còn quá nông cạn, kinh nghiệm xã hội
chưa đủ chưa đi sâu vào cuộc đời, chưa hiểu rõ mọi sự hiểm ác trong quan trường, nhất là ông cũng
nhận thức được triều đình nhà Nguyên do quá hủ bại, nên người ngay thẳng mới không có chỗ đứng
chân, vậy đừng nói chi là làm chuyện gì khác. Bởi thế, trong những ngày trở về quê ẩn cư, ông đã ngày
đêm nghiên cứu "Châu dịch", bát quái binh thư, chiến sách, như một kẻ đói khát cố nuốt lấy thức ăn.
Ông cũng không quên giao du rộng rãi với các vị tân khách, bằng hữu để mở rộng ảnh hưởng của mình,
chuẩn bị sẵn sàng bước trở ra xã hội lần thứ hai.
Lưu Cơ biết đã có cây ngô đồng thì không lo chi chim phượng hoàng không đến.
Quả nhiên, sau một thời gian trôi qua, tiếng tăm của Lưu Cơ ngày càng to, thậm chí có người còn cho
rằng tài năng của ông có thể ví với Gia Cát Lượng. Do vậy, có nhiều văn sĩ ở Giang Nam đã đua nhau
đến cửa xin chỉ giáo. Lưu Cơ cảm thấy ngày mình xuất đầu lộ diện sẽ không còn xa nữa.
Lúc bấy giờ là cuối đời triều Nguyên, sự mâu thuẫn trong xã hội hết sức gay gắt, nông dân ở các nơi
đua nhau khởi nghĩa, chỗ này vừa yên thì chỗ khác nổi dậy. Hàn Sơn Đồng ở Dịch Thành (nay là Dịch
Thành, Hà Bắc) và Lưu Phúc Thông ở Dĩnh Châu (nay là Phụ Dương, tỉnh An Huy) cùng khởi binh tại
Nhữ Dĩnh, La Điền (nay là La Điền, tỉnh Hồ Bắc). Từ Thọ Huy khởi binh ở Kỳ Hoàng, Định Viễn (nay
là Định Viễn, tỉnh An Huy). Quách Từ Hưng khởi binh ở Hào Châu, Thái Châu (nay là Đông Đài, tỉnh
Giang Tô). Trương Sĩ Thành khởi binh ở Cáo Bưu... quân khởi nghĩa hết sức sôi nổi. Cứ cuộc khởi
nghĩa này lại càng to hơn cuộc khởi nghĩa trước.
Trong khi đó, tại vùng Giang Triết có Phương Quốc Trân là người Hoàng Nham, do bị vu cáo thông
đồng với giặc, nên tức giận giết chết kẻ thù của mình, rồi dẫn ba anh em quy tụ hải tặc đông đến mấy
nghìn người, liên tục khuấy phá ở vùng Giang Triết. Triều đình nhà Nguyên mấy lần phái binh để tiêu
diệt nhưng đều không thành. Ngay đến một Bột Thiếp Mộc là Hành Tỉnh Tả Thừa Giang Triết cũng
suýt bị chúng bắt sống. Trong khi không còn cách nào khác hơn, triều đình hứa cho Phương Quốc Trân
được làm quan và được hưởng bổng lộc cao. Nhưng Phương Quốc Trân là người có bản tánh ngoan
cường, mấy lần đầu hàng rồi mấy lần phản lại, khiến nhân tâm hoang mang. Hành tỉnh Giang Triết thấy
Phương Quốc Trân như thế, nên đã nghĩ tới Lưu Cơ, tiến cử ông làm Đô Sự tại Nguyên Soái Phủ. Lưu
Cơ đã ở yên một chỗ ngoài mười năm không bước ra xã hội, lần này cảm thấy trước mắt mình như
bừng sáng lên. Ông vừa đến nhiệm sở, liền chủ trương dùng vũ lực để tiêu diệt Phương Quốc Trân.
Ông cho rằng anh em họ Phương đứng lên làm loạn, không kể gì đến ân huệ của triều đình từng ban
cho, vậy "không tiêu diệt thì không thể răn đe người hậu thế”. Đồng thời, ông cũng hoạch định phương
án tiểu trừ.