Phương Quốc Trân từ lâu đã nghe tiếng Lưu Cơ là người có tài năng, nên rất lo sợ, vội vàng phái
người đem một số lớn vàng bạc bảo vật đến hối lộ cho ông. Nhưng Lưu Cơ tuyệt đối không nhận.
Phương Quốc Trân lại sai người đi theo đường biển lên Bắc Kinh, hối lộ cho một yếu nhân có thế lực
tại kinh đô, khiến triều đình quyết định sẽ tiến hành phủ dụ Phương Quốc Trân và ban cho chức tước.
Lưu Cơ dù nằm mộng cũng không ngờ được chuyện lại xảy ra như thế. Ông đang bố trí binh lực thì
triều đình xuống lệnh khiển trách ông tự tiện tác oai tác phúc. Việc đoạt mất binh quyền của ông là
chuyện không nói, họ còn đưa ông giam lỏng tại Thiệu Hưng. Lưu Cơ quá tức giận, từ quan trở về quê
hương của mình tại Thanh Điền.
Năm thứ mười sáu niên hiệu Chí Chính (công nguyên 1356), Hành tỉnh của triều nhà Nguyên lại cử
Lưu Cơ giữ chức Đô Sự, để ông đi phủ dụ Ngô Thành Thất và đồng bọn khởi nghĩa tại An Sơn. Lưu
Cơ tự chiêu mộ binh nghĩa dũng, tổ chức thành bộ đội, rồi áp dụng cả hai phương pháp cứng rắn và
xoa dịu : Ai đầu hàng triều đình thì sẽ được khoan dung, thậm chí còn cử làm quan. Ai chống lại mệnh
lệnh của triều đình thì bắt được sẽ bị xử tử. Do đó, cánh nghĩa quân này đã bị tiêu diệt.
Đến năm mười bảy niên hiệu Chí Chính (công nguyên 1357), nông dân ở vùng rừng núi Triết Đông nổi
lên khởi nghĩa. Hành tỉnh lại triệu Lưu Cơ đi tảo trừ. Cùng với Thạch Mạt Nghi Tôn, ông giữ chức
Hành Khu Mật Viện Phán Quan tại Giang Triết, cùng giữ Xứ Châu. Kinh Lược Sứ là Lý Quốc Phượng
dâng sớ khen ngợi tài cán của Lưu Cơ, xin triều đình nhà Nguyên trọng dụng ông. Nhưng bọn quý tộc
đang chấp chính trong triều đình sợ đắc tội với Phương Quốc Trân, nên chỉ để ông làm Tổng Quản Phủ
Phán, chứ không để ông chỉ huy quân đội. Lưu Cơ thấy tài năng của mình không được phát huy, nên lại
bỏ quan trở về Thanh Điền.
Các nhà giàu tại Thanh Điền sợ Phương Quốc Trân tới cướp bóc, giết chóc, nên đã đua nhau nương
tựa vào Lưu Cơ, tổ chức một đạo võ trang riêng của địa chủ trong vùng. Họ xây hào lũy để tự bảo vệ
gia sản của mình. Quân đội của Phương Quốc Trân thấy vậy không dám xâm phạm.
Tài năng của Lưu Cơ không được triều nhà Nguyên sử dụng tốt, nên không thể phát huy. Trong những
ngày ẩn cư tại Thanh Điền, Lưu Cơ tuân theo lời cổ huấn của Khổng Tử : "Nước có đạo thì ra làm
quan, nước không đạo thì nằm nhà đọc sách". Ngày ngày ông luôn đọc sách như lời dạy của người xưa,
chờ cơ hội gặp người tri ngộ. Tất cả những sách thuộc về thiên văn, binh pháp, Tứ thư, Ngũ kinh, thi
từ, văn chương, không sách nào mà ông không đọc. Ông còn yêu thích làm thơ, viết văn để bộc lộ tâm
trạng có tài mà không gặp thời của mình, cũng như tấm lòng muốn báo quốc nhưng lại không có điều
kiện. Trong bài thơ "Cảm hoài", ông viết :
Ngô thiên áp Tần đức.
Thoại khí sinh nghệ đang,
Tu thân sĩ thiên mệnh,
Vạn thạch toàn kì danh
Dịch :
Trời Ngô đè Tần đức,
Khí lành sinh núi xinh,
