1939, phát xít Nhật tiến hành cuộc chiến xâm lược Mông Cổ. Đứng trước
nạn xâm lược, Choibalsan đã dũng cảm, mưu trí lãnh đạo quân dân Mông
Cổ chiến đấu anh dũng, cuối cùng đã giành được thắng lợi vẻ vang, quét
sạch quân Nhật ra khỏi bờ cõi.
Năm 1942, ông đề xướng thành lập quân dân binh, năm 1944, cho thực
thi chế độ nghĩa vụ quân sự trên toàn dân.
Ngày 10 tháng 8 năm 1945, nước Cộng hòa nhân dân Mông Cổ chính
thức tuyên chiến với Nhật Bản. Choibalsan đã dẫn 8 vạn kị binh và quân
đội cơ giới hóa, băng qua sa mạc Gobi mênh mông, vượt qua đỉnh núi Hưng
An cao vợi, sau cuộc hành quân 1.000km đã tiến vào bán đảo Liêu Đông
của Trung quốc rồi phối hợp tác chiến với Hồng quân Liên Xô. Ông và
đoàn quân đã có đóng góp rất lớn vào chiến thắng phát xít Nhật. Mao Trạch
Đông đã từng nói: "Nhân dân Trung Quốc sẽ đời đời nghi nhớ công ơn của
Nguyên soái Choibalsan đối với nhân dân Trung Quốc trong cuộc chiến
chống chủ nghĩa đế quốc Nhật Bản".
Sau khi Đại chiến thế giới lần thứ hai kết thúc, Choibalsan đã bắt tay vào
lãnh đạo nhân dân Mông Cổ đẩy mạnh sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã
hội. Tháng 12 năm 1947, tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ XI của Đảng
Nhân dân cách mạng Mông Cổ, Choibalsan đã thay mặt Trung ương Đảng
đọc báo cáo công tác chính trị.
Ngày 26 tháng 1 năm 1952, Choibalsan đã qua đời tại Moscow do căn
bệnh ung thư thận.
Tác phẩm mà ông để lại gồm có: "Lược sử cách mạng nhân dân Mông
Cổ"; "Chí hướng của thanh niên"; "Đại sự của nhân dân Mông Cổ" và
"Chuyện Max Tob".
