Năm 1916, ông trở về Đức và chuyển sang làm lính tàu ngầm. Đây là lần
đầu tiên ông được tiếp xúc với tàu ngầm và cũng là khởi điểm chính thức
trong sự nghiệp quân sự của ông. Thời kỳ đầu, ông chủ yếu phục vụ trên
các tàu khu trục và tuần tiễu hải dương. Nhưng đến năm 1934, 1935 thì ông
đã được tấn phong quân hàm thượng tá và được bổ nhiệm làm chỉ huy chiến
hạm tuần tiễu đại dương "Emden".
Đầu năm 1943, Doenitz thay thế Raeder giữ chức tổng tư lệnh hải quân.
Ngay lập tức, Doenitz đã dỡ bỏ lệnh cấm nhân viên hải quân tham gia vào
hoạt động chính trị, Raeder đã gọi đùa Doenitz là "chàng trai Doenitz trẻ
kiểu Hitler".
Trước khi hiệp định hải quân Anh - Đức được kí kết, nước Đức đã sớm
chế tạo được tàu ngầm, thậm chí ngay cả khi chữ kí trên bản hiệp định còn
chưa ráo mực thì đội quân hải quân đầu tiên của Đức đã ra đời rồi. Người
chỉ huy đội quân này là thượng tá Doenitz. Sau đó, ông lại được bổ nhiệm
làm chỉ huy tàu ngầm của tổng bộ hải quân Đức, và phụ trách tất cả các
công việc có liên quan đến chính sách phát triển và huấn luyện tàu ngầm.
Đối với sự phát triển của binh chủng tàu ngầm nước Đức, bất luận là trên
phương diện vật chất hay tinh thần, Doenitz đều là tổng chỉ huy, ông dốc
toàn tâm toàn lực vào công việc xây dựng đội tàu ngầm. Ông đích thân
tuyển chọn và huấn luyện nhân viên, đồng thời trau dồi cho họ tư tưởng
chiến thuật mới của ông, khiến cho họ có niềm tin sắt đá. Tuy ông không
phải là người hòa nhã, thân thiện, nhưng ông vẫn cố gắng hết sức để duy trì
sự tiếp xúc thường xuyên giữa ông với các trưởng tàu ngầm. Mỗi khi có tàu
ngầm trở về từ cuộc diễn tập trên biển, ông đều đích thân đến bến tàu chào
đón quan quân trở về. Vì vậy, toàn thể quan quân đều coi ông như một
người cha.
Trong quá trình tác chiến, Doenitz luôn duy trì sự khống chế nghiêm
ngặt, từ bộ tư lệnh của ông, hàng loạt các chuỗi thông tin vô tuyến điện
được phát đi để chỉ huy hành động trong từng phút của từng chiếc tàu
ngầm. Tuy nhiên, đối với các cuộc công kích vào ban đêm thì lại khác. Vào
