Mấu chốt của vấn đề là lúc đó ông đã quá tin tưởng vào sự chi viện của
lục quân Đức, nên đã quyết định sử dụng toàn bộ quân hạm của Đức và Ý,
từ tàu tuần tiễu đến tàu ngầm vào việc vận chuyển quân chi viện mà không
cho tham chiến. Quyết định sai lầm này đã dẫn đến việc hàng loạt quân của
liên minh phát xít ở Tunis ra hàng, từ đó tạo điều kiện thuận lợi cho quân
Đồng minh đổ bộ một cách dễ dàng lên đảo Sicily.
Khi quân Đồng minh tiến sát đến Beclin, trong tất cả các nhân vật chủ
chốt của Đức Quốc xã thì chỉ còn Doenitz và Goebbels là thực sự vẫn còn
trung thành với Hitler. Ngày 26 tháng 4 năm 1945, Goebbels có ý đồ tiếp
quản chính quyền, điều này đã làm cho Hitler nổi giận. Hitler đã hạ lệnh bắt
và hành quyết Goebbels, trong khi đó Himmler thì lại bí mật lén lút thông
đồng với quân Đồng Minh, vì vậy mà trong di chúc để lại, Hitler đã bổ
nhiệm Doenitz làm người kế nhiệm mình làm nguyên thủ nước Đức.
Ngày 1 tháng 5, Doenitz chính thức lên nhậm chức thay Hitler, khi đó
ông vẫn còn hi vọng là có thể đạt được hiệp định đình chiến đơn phương
với quân Đồng minh. Ông tưởng rằng các nước phương Tây sẽ giữ ông lại
để làm con bài đối phó với Liên Xô và khống chế nước Đức sau chiến
tranh. Nhưng ông đã nhầm, ảo tưởng của ông chỉ kéo dài được 3 ngày, vào
ngày 22 tháng 5 ông bị bắt. Ông và các tội phạm khác của Đức Quốc xã đều
bị coi là tội phạm chiến tranh và bị đưa ra xét xử tại Nuremberg. Ông bị xử
mười năm tù khổ sai. Năm 1956, ông mãn hạn tù và được trả tự do, sau đó
ông đã sống nốt phần đời còn lại của mình một cách an nhàn tại Đức.
Cuộc đời chinh chiến của Doenitz xét trên góc độ của một chỉ huy tác
chiến tàu ngầm thì có thể nói là ông đã thành công rực rỡ, nhưng nếu xét
trên góc độ của một tổng tư lệnh hải quân thì ông lại thất bại một cách thảm
hại.
