Moskva, tại đây ông được nhận Huy chương vàng Anh hùng Liên Xô. Đây
là một trong những điệp viên hoạt động bí mật được nhận danh hiệu cao
quý này.
Vào ngày Troski bị giết Eitingon và "Bà mẹ" rời khỏi Mexico. Eitingon
với hộ chiếu người Iraq bay sang Cu Ba. Đến Cu Ba Eitingon nhận hộ
chiếu người Bungari và bay về châu Âu. Về đến Moskva đích thân Eitingon
báo cáo miệng toàn bộ sự việc cho Merkulov và Beria, chứ không viết một
báo cáo nào bằng văn bản.
Eitingon vừa mới kịp nghỉ ngơi lấy lại sức và bắt tay với công việc mới
(tổ trưởng tổ Đặc biệt trực thuộc Bộ Dân ủy Nội vụ) thì chiến tranh đã nổ
ra. Eitingon nhận nhiệm vụ lữ đoàn phó (lữ đoàn trưởng là Sudoplatov) lữ
đoàn bộ binh cơ động đặc nhiệm là lữ đoàn huyền thoại trong thời kỳ Chiến
tranh giữ nước vĩ đại đã lập được nhiều chiến công vang dội khi mở các
chiến dịch trong lòng địch. Lữ đoàn đặc nhiệm chỉ thu nhận những người
tình nguyện đã qua một lớp tập huấn đặc biệt dành cho công việc phá hoại
đặc công và thực hiện những nhiệm vụ đặc biệt quan trọng. Lữ đoàn đặc
nhiệm này được phiên vào thành phần Cục 4 thuộc Bộ Dân ủy Nội vụ - Bộ
Dân uỷ An ninh do Sudoplatov và Eitingon đứng đầu trong suốt thời gian
từ khi nổ ra đến khi kết thúc cuộc Chiến tranh giữ nước vĩ đại. Đây là
Trung Tâm đầu mối tổ chức công tác tình báo phá hoại ở vùng bị chiếm
đóng. Ngoài những chiến dịch do Cục 4 tự tiến hành, Cục còn ủng hộ
những điệp vụ biệt kích, thực hiện gần 80 điệp vụ, trong đó có những điệp
vụ nổi tiếng như "Tu viện", "Beredino".
Đặc biệt trong số các nhà hoạt động tình báo Liên Xô chỉ có hai người
được phong tặng Huân chương Suvorov: đó là hai vị tướng an ninh
Sudoplatov và Eitingon.
Trong thời gian chiến tranh, vào năm 1942 Eitingon đã đến Thổ Nhĩ Kỳ
dưới vỏ bọc Leonid Naumov nhận sứ mệnh chuẩn bị cuộc ám sát đại sứ
Đức Fon Papen. Sở dĩ phải khử Fon Papen vì trong trường hợp các tướng
