Qua nhiều đêm lần mò, Baker đã tới trận tuyến và "đầu hàng" quân
Liên bang. Anh được dẫn ngay đến gặp tướng Scott. Vị tướng cùng các sĩ
quan chăm chú nghe báo cáo cặn kẽ của điệp viên. Tướng Scott hết sức
ngạc nhiên về tài quan sát, trí nhớ và khả năng phân tích của Baker và bổ
nhiệm anh làm chỉ huy trưởng quân cảnh. Sau đó anh được thăng chức cấp
tướng phụ trách cả tình báo lẫn phản gián quân đội miền Bắc. Một trong
những điệp viên của Baker lọt được vào ban tham mưu của quân miền Nam
ở Richmond. Chỉ sau vài tuần điệp viên này trở về gặp Baker với bức thư
của thống đốc gửi cho phái viên của phái Liên bang ở Canada. Phong bì
không bị bóc vì điệp viên đã thông báo rằng trong đó chỉ có bức thư giới
thiệu do chính tay ngài Jefferson Davis viết và niêm phong. Sau cuộc trao
đổi thư từ trót lọt điệp viên trở thành liên lạc viên thường xuyên trong
đường dây Richmond - Canada. Nhưng giờ đây những thư từ mà anh ta
chuyển đã bị cơ quan phản gián của Baker kiểm duyệt. Để làm việc này các
chuyên gia đã dùng giấy và dấu niêm phong y như của các bì thư thật.
Trong một bức thư có đề cập tới kế hoạch phá hoại nguy hiểm: dự định
tổ chức phóng hỏa và gây nổ ở New York và Chicago, đặt mìn đồng thời
một lúc ở các cửa hàng lớn, nơi vui chơi giải trí đông người. Cảnh sát và
quân đội liền có những biện pháp cần thiết. Cháy chỉ xảy ra ở một nơi, còn
mìn không hề làm tổn hại gì.
Dưới sự chỉ đạo của Baker còn thực hiện được một phi vụ nữa. Qua
điệp viên của mình biết được rằng trong suốt một năm chiến tranh cứ sau
mỗi buổi họp của nội các là có báo cáo chi tiết gửi cho quân miền Nam. Cơ
quan phản gián của Baker phát hiện là cơ sở gián điệp chuyển những báo
cáo đó chủ yếu gồm các trưởng trạm bưu điện của bang Mariland. Trừ ba
người ra còn lại toàn bộ là điệp viên của miền Nam. Việc loại bỏ tổ chức
gián điệp này là một trong những chiến công của vị tướng Lafayette Baker.