Có thể nói, trận chiến đấu thật sự của nhà tình báo Vũ Ngọc Nhạ bắt
đầu vào một buổi sáng tháng 12-1958. Do Tá Đen, một tên chiêu hồi chỉ
điểm, bọn mật vụ thuộc đoàn công tác đặc biệt của Ngô Đình Cẩn do
Dương Văn Hiếu cầm đầu đã bắt cóc anh. Sau hơn một tháng giam giữ tại
địa điểm bí mật ở đường Bến Vân Đồn, Quận 4, Vũ Ngọc Nhạ bị bọn mật
vụ chuyển ra trại Tòa Khâm (Huế). Suốt 8 tháng trời, bằng các thủ đoạn và
mọi ngón nghề khai thác, lừa bịp, mị dân, kẻ địch vẫn không phát hiện
được con người thật của Vũ Ngọc Nhạ. Trước sau, chúng chỉ biết về anh
như tất cả "sự thật" mà tổ chức đã chuẩn bị sẵn khi đưa anh vào sống trong
lòng địch. Trong trại Tòa Khâm, Vũ Ngọc Nhạ bắt được liên lạc và được
"anh Mười" - tức đồng chí Trần Quốc Hương - và được giao nhiệm vụ trèo
cao, chui sâu vào trong lòng địch để hoạt động.
Từ cái "vỏ bọc" của tổ chức trao cho, dựa vào ảnh hưởng của cha Lê
Hữu Từ, cha Hoàng Quỳnh ở nhà thờ Bình An và Phát Diệm mà anh đã có
dịp biết, anh bắt đầu hành động. Lúc này, chế độ Ngô Đình Diệm rất cần sự
ủng hộ của các linh mục có tiếng chống Cộng quyết liệt này. Vũ Ngọc Nhạ
đã khéo léo biến mình thành "cầu nối" cho hai bên kết gắn với nhau. Từ đó,
dần dần anh chiếm được lòng tin của Ngô Đình Cẩn - Cố vấn miền Trung
của chế độ Ngô Đình Diệm. Cẩn đã "bắt cầu" cho anh sang cha Thục, Ngô
Đình Nhu và Ngô Đình Diệm. Bản tường trình phân tích kỹ bốn nguy cơ
"đe dọa chế độ mà Ngô Tổng thống đã dày công vun đắp", mà anh trình lên
họ Ngô đã khiến Ngô Đình Cẩn, sau đó là cả Ngô Đình Nhu, Ngô Đình
Diệm quan tâm chú ý. Khi được hỏi, Vũ Ngọc Nhạ đã khéo léo hé cho anh
em họ Ngô biết rằng tất cả những ý kiến trong tờ trình đều là của giám mục
Lê Hữu Từ, anh chỉ là người lĩnh hội và được thừa nhiệm báo nguy chế độ.
Đánh giá rất cao "trách nhiệm" và sự sâu sắc của "bản tường trình", đồng
thời tưởng nắm được cơ hội tìm sự ủng hộ của khối Công giáo di cư do
giám mục Lê Hữu Từ và linh mục Hoàng Quỳnh lãnh đạo, anh em Diệm -
Nhu đã tỏ ra khá vồ vập, mời Vũ Ngọc Nhạ về làm cố vấn. Đồng thời cho
rằng nhờ anh mà mối bất hòa giữa Phát Diệm với anh em Ngô Tổng thống
cũng được dỡ bỏ, nên cha Lê, cha Hoàng cũng hởi lòng, coi Vũ Ngọc Nhạ
