Quân Nguyên vừa rút lui, Nhân Tông đã cho kiểm tra dân đinh để
nắm rõ tình hình hao hụt, thực trạng trong nước, và trong năm 1286 có lệnh
tuyển binh, chế tạo vũ khí, thuyền bè, diễn tập quân lính. Tiền đồn đã được
đẩy ra xa phía biển: Vân Đồn không chỉ là một cảng khẩu mà còn là một
căn cứ quân sự giao cho ông tướng Trần Khánh Dư “gà chó đều sợ.” Trần
Quốc Tuấn bây giờ đã là cột trụ tin cậy của nhà nước nên lời ông được nêu
như ý chí vững tin ở ngày chiến thắng: “Năm nay đánh giặc nhàn.” Tuy
nhiên lí lẽ đưa ra cũng phải được thực tế thử thách. Và lại thấy ưu thế thuỷ
chiến của Trần. Chiến tranh chuyển trọng tâm về mặt biển nên những trận
đánh dữ dội là ở phía này. Thoát Hoan tiến chiếm Vạn Kiếp rồi cùng các
quân khác vào Thăng Long đầu tháng 2-1288. Sức mạnh quân thuỷ của
Nguyên còn thấy rõ ở việc Ô Mã Nhi rượt đuổi vua Trần và trong chuyến đi
đón lương tiếp tế trên suốt con đường từ Thăng Long xuống biển. Nhu cầu
quân lương thật lớn vì quân số nhiều, có cướp bóc tại chỗ cũng không đủ.
Không bắt được vua Trần đã là một thất bại chiến lược, mà việc chiếm
được kinh đô cũng mất giá trị vì Trần Khánh Dư đã sử dụng đắc thế vị trí
tiền đồn được giao phó để đánh chìm cả đoàn thuyền tiếp tế của Trương
Văn Hổ, giáng ngón đòn quyết định xuống cả cuộc chiến. Thoát Hoan chỉ
còn cách kiếm đường rút lui. Hai cánh quân thuỷ bộ đều bị chận đánh
nhưng với ưu thế thuỷ chiến của quân Trần thì trận thắng vang dội để lại sử
sách là trận Bạch Đằng (9-4-1288) bắt sống Ô Mã Nhi, Phàn Tiếp.
Trong cả ba cuộc chiến, quân Nguyên đại bại trên đất Việt, điều đó
thật đã rõ không cần phải tranh cãi. Nhưng nếu có tranh luận thì chỉ nên lấy
lời của kẻ trong cuộc chứ không phải của người về sau khi kết quả đã thấy
rõ. Quân binh Mông Cổ không phải chỉ bại riêng ở Chiêm Thành, Đại Việt
(nhất là Đại Việt) như người ta thường ca tụng. Sức mạnh nào thì cũng phải
có cuối đường của nó. Phía tây, Mông Cổ bị chận ở Trung Âu, phía biển
đông, Mông Cổ (trở thành Nguyên) thất bại ở Nhật Bản, và quân đến Java
phía nam thì không thấy tuyên dương ngày về. Chỉ vì khi bành trướng,
Mông Cổ phải mượn lực lượng địa phương phụ giúp, sức mạnh nguyên
thuỷ không còn nữa. Đánh Chiêm Thành, Đại Việt phần lớn quân là quân
