Trung Hoa làm áp lực với nhà Thanh, và cũng làm một yếu tố trấn áp quân
Gia Định để bù lại yếu kém của phe mình. Nhưng trận chiến thắng Thi Nại
1-3-1801 là dấu hiệu rõ rệt nhất về ưu thế thuỷ quân Gia Định. Họ đã tha
hồ làm chủ mặt biển, tấn công sâu vào hậu phương địch, bỏ qua những cản
trở mà bộ binh không khuất phục được.
Thế là những rối loạn nội bộ của Tây Sơn cứ theo nhau kéo đến. Vụ
đảo chính giết Bùi Đắc Tuyên khiến Trần Quang Diệu đang vây Diên
Khánh phải bỏ về giải quyết chuyện Phú Xuân (giữa 1795.) Tướng sĩ tan
rã, chán nản, có ý đầu hàng Gia Định (1797) như Lê Chất, khi quân Gia
Định tiến ra, lần đầu đe doạ Phú Xuân, thế mà Lê Trung cũng không tìm
cách ngăn cản. Tiểu triều Nguyễn Bảo gây loạn cuối năm 1798 kéo quân
Nguyễn ra chiếm thành Hoàng Đế (giữa năm 1799,) gây thêm lục đục nội
bộ Tây Sơn. Trên chiến trường bây giờ chỉ có hai con người nổi bật, Trần
Quang Diệu và Vũ Văn Dũng, nhưng họ kết hợp vì chính sự an toàn của
bản thân hơn là vì tâm ý phục vụ triều đình trên cao.
Họ đem quân vào Quy Nhơn toan tính lấy lại nơi căn bản. Họ vây
thành, bây giờ đã đổi ra tên Bình Định, có Võ Tánh chống giữ. Chỉ có vây,
vì thành đất Diên Khánh còn không hạ được thì thành đá Bình Định làm
sao thanh toán cho xong? Quân thuỷ của Vũ Văn Dũng trấn cửa Thi Nại,
không đủ sức giữ để Nguyễn Ánh dùng tàu tây tận lực tấn công đưa đến
trận thắng vang dội tận vùng biển Xiêm La. Nhưng trên bộ quân Ánh
không tiến lên được vì không qua khỏi quân Tây Sơn. Từ lâu Nguyễn Ánh
cũng biết đến hiệu quả của tượng binh nên cố sức tổ chức binh chủng này,
giao cho tướng thân cận hoàng phái là Nguyễn Đức Xuyên điều khiển. Tuy
Xuyên có lợi thế sử dụng ống dòm, từng nhờ đó đã một lần tránh được tổn
thất nhưng vẫn chưa đủ sức đương cự với quân tượng Tây Sơn. Thế là
thành Bình Định vẫn không giải toả được. Và thuỷ quân lại thêm dịp chứng
tỏ khả năng. Quân Nguyễn theo lời Võ Tánh chịu hi sinh, để Nguyễn Ánh
chuyển đi lấy Phú Xuân (15-6-1801) đuổi Quang Toản chạy ra Bắc.
