Gates thường nói anh đã rất muốn nhìn thấy mối quan hệ
giữa IBM và Microsoft được tiếp tục phát triển, nhưng mọi điều đã
sụp đổ vào năm 1989 khi hai công ty hợp tác phát triển thế hệ hệ
điều hành kế tiếp, hệ điều hành OS/2. Các kỹ sư của Gates và
IBM bất đồng quan điểm về việc hệ điều hành mới sẽ được cấu
hình như thế nào. Cuối cùng, IBM quyết định rằng họ sẽ tiến
hành phát triển hệ điều hành OS/2 một mình và thực chất là hất
Microsoft ra khỏi liên minh.
“Chúng tôi phải chiến đấu chống lại một công ty lớn nhất
trong ngành công nghiệp máy tính, họ đã tấn công chúng tôi
bằng chính phần mềm hệ điều hành mà chúng tôi đã giúp họ
phát triển.”
Gates cho rằng IBM đã luôn có thái độ úp mở trong mối quan
hệ giữa IBM với Microsoft và điều này đã làm anh bối rối. Khoảng
năm 1986, trong một nỗ lực nhằm cải thiện mối quan hệ giữa hai
công ty, Gates đưa ra đề nghị sẽ giành 10% cổ phần của Microsoft
cho IBM nhưng IBM bác bỏ thiện ý này. Thật là quyết định ngu
ngốc. Với 100 triệu đô la đầu tư thời điểm đó sẽ có giá trị hơn 10 tỷ
đô vào năm 1997.
Gates nói rằng Microsoft luôn chuẩn bị tinh thần cho trường
hợp không còn hợp tác với IBM nữa, và chính điều này đã giúp anh
vượt qua được cuộc khủng hoảng:
“…trong khoảng thời gian Microsoft cộng tác với IBM, một trong
những nhóm nhỏ có chức năng giải quyết bế tắc của chúng tôi