1861, hắn tuyên bố tên hắn là Lê Duy Ninh, người “kế vị” dòng
họ nhà Lê. Hắn tập hợp một số người Công giáo Bắc kỳ và khởi
quân chống lại quyền hành của triều đại nhà Nguyễn ở Huế.
Hắn vừa liên hệ với các giáo sĩ Tây Ban Nha, vừa yêu cầu viện trợ
của quân đội Pháp. Hắn ta vào Đà Nẵng, gặp Đô đốc Rigault de
Genouilly. Mặc dù viên đại tá Tây Ban Nha là Palanca rất muốn can
thiệp mạnh mẽ vào Bắc kỳ, Rigault de Genouilly chỉ có vài lời hứa
hẹn suông. Trở về Bắc, “ông Hoàng nhà Lê” (chức vị do các giáo sĩ
khoác cho Phụng và sau này được một vài nhà sử học Pháp lặp lại)
bèn liên kết với những chủ đảng khác, tên là Trương, Ước và Độ kêu
gọi cả một số quân cướp biển người Tàu, lúc này đang làm sóng gió ở
vùng duyên hải Bắc kỳ, giúp chúng chiếm lấy trấn Hải Ninh
(Móng Cái). Hắn còn liên kết với một chủ đảng khác là Nguyễn Văn
Thịnh – nổi tiếng dưới cái tên ”Cai tổng Vàng” – một người mới
theo đạo. Nhóm quân Phụng - Thịnh nhờ sự ủng hộ mạnh mẽ của các
giáo sĩ và giáo dân chiếm được cả miền Đông Bắc kỳ. Được thắng
lợi địa phương cổ vũ, Phụng lại xin viện trợ lần nữa. Năm 1862, hắn
gửi phái viên tới gặp Bonard vừa đến Sài Gòn thay cho Charner.
Hắn đề nghị, đáp lại sự viện trợ sẽ nhận cho Pháp bảo hộ Bắc kỳ.
Nhưng Bonard, cũng như người trước ông ta (Charner) có lẽ vì sợ Tây
Ban Nha có dịp thực hiện vai trò của chính họ tại Bắc kỳ, hơn nữa
cũng ngại vấp phải dư luận tại Pháp giữa lúc việc vây hãm thành
Puebla (Mễ Tây Cơ) đang gặp nhiều khó khăn khiến cho dân chúng
không ủng hộ cuộc viễn chinh Mễ Tây Cơ nữa, nên ngần ngừ không
ủ
ng hộ Phụng.
Triều đình Huế quyết định quét sạch bọn nổi loạn tay chân của
ngoại bang này, bèn cử Thống chế Nguyễn Tri Phương cầm quân
ra Bắc. Chẳng bao lâu quân của Phụng bị tan vỡ trước sự tấn công
của quân đội nhà vua, dồn dập và mãnh liệt, vì lúc này Hiệp ước Sài
Gòn vừa mới ký kết. Tuy vậy, theo lời xúi giục của các giáo sĩ nên
tấn công một trận cuối cùng vào chánh phủ trung ương, tên phiêu
