Nhưng Bộ Hải quân không có quân dự bị, viện binh chỉ có thể xin
của lục quân và lục quân sẽ là bộ phận chính của đạo quân viễn chinh
này. Tướng Campenon, Bộ trưởng Chiến tranh và các tướng tá bất
bình trước việc một Đô đốc chỉ huy đánh bộ và lại chỉ huy quân đội
của Bộ trưởng Chiến tranh yêu cầu trao quyền chỉ huy cho một
ông tướng. Ngay hôm ông ta chiếm được Sơn Tây, Đô đốc Courbet
bị thay thế bởi tướng Millot và trở lại với cương vị chỉ huy các lực
lượng thủy quân như trước.
Bởi vì trong lúc ấy, Harmand đang trở về Pháp và đã đề nghị
cử Courbet làm tổng chỉ huy. Courbet, tận dụng những cuộc hành
quân thăm dò của tướng Bouet, ngay khi mới cầm quyền chỉ huy
chiến dịch, ngày 27/10/1883, đã chuẩn bị sẵn sàng để đánh chiếm
Sơn Tây. Lợi dụng tình trạng quân Việt - Trung tuy đông hơn nhiều
nhưng nằm y bất động, không một lần nào tìm cách phản công và
tình hình nội các cũng đang lộn xộn (30/11/1883) lại nhận thêm
4.000 viện binh cùng với dân công do Kinh lược Bắc kỳ Nguyễn Hữu
Độ cung cấp, Courbet chiếm được thành ngày 24/12, sau ba ngày
chiến đấu quyết liệt.
Những chuyện bất hòa trong triều đình Huế trong mùa hè
1883 đã góp phần làm cho hành động quân Pháp dễ dàng thành
công. Trước mắt những người yêu nước, Nguyễn Trọng Hiệp và
Nguyễn Hữu Độ đã phản bội quyền lợi Tổ quốc và hợp tác với kẻ
thù ngoại bang. Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường đều thuộc
phe chủ chiến nhưng hai vị đại thần nhiếp chính này lại chia rẽ
nhau bởi một sự cạnh tranh quyết liệt và đều là những người rất
tham quyền cố vị.
Sự suy sụp trong kinh thành không ngăn trở nhân dân tiếp tục
kháng chiến. Phần đông các quan đầu tỉnh phía Bắc từ chối
không thừa nhận bản hiệp ước do Nguyễn Trọng Hiệp đã ký. Những
đội quân tình nguyện được thành lập.