Bằng sắc lệnh ngày 3/7/1897, một “Hội đồng cao cấp Đông
Dương” được thành lập – gồm các thủ hiến các cơ quan toàn Đông
Dương và các chính quyền địa phương, các chủ tịch các phòng
thương mại và canh nông và hai viên quan lại Việt Nam cao cấp – có
nhiệm vụ giúp đỡ cho Toàn quyền trong công việc cai trị thuộc địa.
Có những cơ quan duy nhất về thuế hải quan và các sở tài chính
Đông Dương, một cơ quan kinh tế chịu trách nhiệm về các vấn đề
nông nghiệp, thương mại và thực dân hóa, một ngân sách chung cho
toàn Đông Dương mà sự thành lập do Bộ trưởng Thuộc địa ký ngày
31/7/1898, “đã khẳng định sự ra đời của Đông Dương”, một Nha
công chánh, một Nha dân sự (Bộ Nội vụ của Đông Dương), một Tổng
nha Bưu điện và điện tín, một Quỹ hưu trí, một Sở Tư pháp…
Ở
miền Bắc, chức vụ “Kinh lược” thiết lập năm 1886 trái với
Hiệp ước Bảo hộ, đã bị hủy bỏ đi một cách đơn giản do sắc lệnh ngày
26/7/1897. Các quan chức Việt Nam ở các tỉnh Bắc kỳ, từ đây sẽ đặt
dưới sự kiểm soát của viên Thống sứ Bắc kỳ, được đưa lên hàng đại
diện của nhà vua. Như vậy sợi dây cuối cùng ràng buộc Bắc kỳ lại
với triều đình Huế đã bị cắt đứt.
Trước lúc Doumer tới, tại Trung kỳ nhiệm vụ của nước Pháp chỉ
thu lại trong một việc kiểm soát triều đình Huế. Dưới sự thúc ép của
viên Toàn quyền, Thành Thái vừa mới đến tuổi thành niên phải ký
ngày 27/9/1897 một đạo dụ phê chuẩn việc tổ chức lại việc cai trị đất
nước: Viện Cơ mật bị giải thể thay vào đó là một Hội đồng Thượng
thư do Khâm sứ Trung kỳ chủ tọa. Các quyết định của Hội đồng,
sau khi được viên Khâm sứ duyệt thì được nhà vua đóng dấu và ban
hành. Các quan phụ chánh chính thức trở thành những người có trách
nhiệm quan trọng nhất trong Hội đồng Thượng thư. Bên cạnh các
quan Thượng thư Việt Nam, có những công chức người Pháp được
phái đến giúp đỡ các quan Thượng thư làm nhiệm vụ của họ. Con số
