Alizarin là một dẫn xuất của anthraquinone, hợp chất gốc của một số chất
liệu màu thiên nhiên. Hơn năm mươi hợp chất trên cơ sở anthraquinone đã
được phát hiện trong các loài côn trùng, thực vật, nấm và địa y. Cũng như
trường hợp của màu chàm, hợp chất gốc anthraquinone không có màu. Thế
nhưng hai nhóm OH gắn vào vòng thơm bên phải của phân tử alizarin,
cùng với các nối đôi và nối đơn xen kẽ trong phần còn lại của phân tử, cung
cấp đủ cấu trúc liên hợp cho alizarin để nó có thể hấp thụ ánh sáng khả
kiến.
Trong những hợp chất này, số lượng các nhóm OH có vai trò quan trọng
hơn so với số lượng các vòng thơm trong khả năng tạo màu. Điều này được
minh chứng rõ ràng trong những hợp chất là dẫn xuất của naphthoquinone,
một phân tử với hai vòng thơm so với anthraquinone có ba vòng thơm.
Phân tử naphthoquinone không có màu; trong khi đó các dẫn xuất có
màu của naphthoquinone là juglone có trong quả óc chó,và lawsone, phân
tử tạo màu cho cây lá móng Ấn Độ (được dùng từ nhiều thế kỷ để làm
thuốc nhuộm da và tóc). Các dẫn xuất có màu của naphthoquinone có thể
có nhiều hơn một nhóm OH, ví dụ như trong phân tử echinochrome, một
chất màu đỏ có trong loài sand dollar và nhím biển.
