Ngoài ra, Võ Nguyên Giáp còn chia ra các vùng lãnh thổ khác nhau:
vùng tự do, vùng tạm chiếm và vùng du kích. Vùng tự do bao gồm: Việt
Bắc, các vùng cửa sông Bắc Trung Bộ, các vùng ven biển Trung Bộ ở phía
nam Huế, Đồng Tháp Mười và bán đảo Cà Mau ở cực nam Nam Bộ. Các
vùng du kích là châu thổ sông Mê Kông ở miền Nam và châu thổ sông Hồng
ở miền Bắc, ven biển Trung Trung Bộ, cao nguyên trung tâm dãy Trường
Sơn. Những vùng tạm chiếm là các vùng đô thị Sài Gòn, Huế, Hải Phòng và
Hà Nội, những đồn điền cao su Nam Bộ, một số vùng ở hạ lưu sông Mê
Kông. Sự phân chia các vùng như thế cho phép Võ Nguyên Giáp nhìn rõ các
vấn đề đặt ra trên phạm vi địa phương, từ đó đặt ra kế hoạch phù hợp với
từng vùng.
Mặc dù đã thiết lập một bản đồ như vậy nhưng đôi khi Võ Nguyên
Giáp và Bộ tham mưu cũng rất khó khăn trong việc chỉ đạo đối với Nam Bộ
và các vùng ở xa. Khoảng cách quá lớn, việc đi lại khó khăn trên những
miền rừng núi hiểm trở, đồn bốt địch trải khắp nơi, đường vận chuyển bằng
xe lửa và xe ôtô chở khách bị Pháp kiểm soát gắt gao. Đi lại bằng ôtô cũng
nhiều nguy hiểm. Võ Nguyên Giáp thường dùng điện đài để liên lạc với các
tỉnh phía nam nhưng sóng dễ bị thiết bị dò sóng của địch phát hiện cho nên
việc dùng điện đài cũng khá hạn chế. Bên cạnh đó là những khác biệt về văn
hóa vùng, miền. Cho nên không có gì ngạc nhiên khi thấy những người lãnh
đạo cách mạng ở miền Nam, về nguyên tắc là đặt dưới sự lãnh đạo và kiểm
soát của Võ Nguyên Giáp nhưng trên thực tế cũng có lúc họ hành động theo
ý mình.
Từ khi có đủ người để thành lập một quân đội thật sự, Võ Nguyên Giáp
lại quan tâm đến việc làm sao để trang bị và tiếp tế cho quân đội đó. Võ
Nguyên Giáp đã đưa ra cách giải quyết vấn đề hậu cần rất hiệu quả, cho thấy
ông là một trong những vị tướng lĩnh tài danh của mọi thời đại về mặt hậu
cần. Ông phải đổi những đơn vị chủ yếu của ông thành một đội quân thường
trực nhưng không làm mất đi khả năng tác chiến ở vùng rừng núi vốn là lối
đánh có kinh nghiệm của quân đội Khi rút khỏi Hà Nội, ông đã cho tháo gỡ
