Một nhóm cấp cao - Uỷ ban 303 - được giao nhiệm vụ kiểm soát các hoạt
động ngầm, kể cả hoạt động bán quân sự (
gồm tất cả các hoạt động ngầm quan trọng trên thế giới. Uỷ ban 303 chịu
trách nhiệm về các hoạt động ngầm chống lại Bắc Việt Nam của CIA trong
những năm 1961-1963. Năm 1964, các hoạt động ngầm do quân đội chỉ đạo
chống Việt Nam trở thành công việc chính của Uỷ ban. Các thành viên của
Uỷ ban bao gồm Mc George Bundy, cố vấn an ninh quốc gia, Roswell
Gilpatric, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, U. Alexis Johnson, Trợ lý Thứ
trưởng về vấn đề chính trị, và Rechard Helm, Phó Giám đốc Cục tình báo
Trung ương. Bundy là chủ tịch Uỷ ban. Hội đồng tham mưu trưởng liên
quân cũng có đại diện cao cấp. Theo Gilpatric, đó là tướng Maxwell.Taylor,
Chủ tịch hội đồng. Ông cũng cho biết thêm đôi khi "Mc.Namara cũng đến
dự các cuộc họp. Mỗi khi có chương trình lớn đang được cân nhắc, tôi sẽ
báo và ông ấy sẽ đến dự"(
Với vai trò ngày càng tăng của Lầu Năm Góc trong chống nổi loạn và chiến
tranh bí mật, Hội đồng tham mưu trưởng liên quân thành lập Văn phòng trợ
lý đặc biệt về hoạt động đặc biệt và nổi loạn (SACSA) đặt dưới sự chỉ đạo
trực tiếp của Chủ tịch hội đồng. Văn phòng này hỗ trợ Bộ trưởng và Chủ
tịch hội đồng tham mưu trưởng liên quân thực hiện các yêu cầu của Nhóm
đặc biệt và Uỷ ban 303. Ở Washington, Văn phòng này giúp vạch kế hoạch
và chỉ đạo những hoạt động chiến tranh đặc biệt có sự tham gia của Bộ
Quốc phòng. Tất cả mọi thành phần quốc phòng tham gia vào các hoạt động
này phải hỗ trợ Văn phòng trợ lý đặc biệt khi được yêu cầu. Được thành lập
tháng 2-1962, vị trợ lý đặc biệt đầu tiên là thiếu tướng thuỷ quân lục chiến
Victor H. Krulak.
Krulak là một người có đầu óc sáng tạo. Khi còn là một sĩ quan trẻ và
chứng kiến hoạt động của người Nhật chống Trung Quốc vào cuối những
năm 1930, ông đã thiết kế phần thân cho tàu đổ bộ, giải quyết vấn đề đổ bộ
nhanh chóng các lực lượng tấn công từ biển vào đất liền. Kết quả là đã ra
đời các tàu đổ bộ tiêu chuẩn được thủy quân lục chiến sử dụng ở Thái Bình
