Bấy giờ các tướng là bọn Nguyễn Văn Thành, nhiều người tâu nên bỏ
thành bên đánh chỗ xa mà Võ Tánh ở trong thành cũng gửi mật thư xin
nhân lúc sơ hở đánh lấy Phú Xuân, ý vua mới quyết.
Tháng 5, mùa hạ năm Tân Dậu, lấy lại được đô thành Phú Xuân. Giặc Toản
chạy ra Bắc. Mùa đông năm ấy, thăng cho Siêu làm bộ Lễ, Siêu cố từ, vua
không cho.
Năm Nhâm Tuất, vua bàn đánh ra ngoài Bắc, Siêu cùng Trần Văn Trạc
dâng tâu rằng: Nhà Lê từ Chiêu Hoàng chạy sang nước Thanh, đi không trở
về, đất Bắc Hà đã bị Tây tặc chiếm được, huống chi quân nhà vua từ khi
lấy lại cựu kinh đến nay, thần dân nhà Lê không từng có một người hưởng
ứng việc nghĩa để đánh giặc, thì nhà Lê không nổi lên được nữa, đã có thể
biết. Nay ta diệt Tây tặc, có cả đất ấy, là lấy ở Tây Sơn, không phải là lấy ở
nhà Lê. Sau khi việc yên tự có xử trí duy có việc thương dân đánh kẻ có tội,
cốt ở có danh hiệu, có ứng lòng người, thuận lòng trời trước hết phải đổi
năm tháng. Nay đi đánh ngoài Bắc, mà còn dùng niên hiệu nhà Lê, sợ
người ngoài Bắc bảo ta là mượn tiếng phù Lê, chi bằng lên chính ngôi vua,
đổi niên hiệu, tuyên bố nghĩa lớn cho cả nước biết, thì ta được nước là
chính nghĩa, không ai có thể dị nghị dược. Vua cho là phải, bèn lấy năm ấy
đặt niên hiệu là Gia Long nguyên niên (1802), đem việc đánh ngoài Bắc bá
cáo trong ngoài. Năm ấy cả nước định xong cả, lại làm lễ cáo miếu việc võ
thành công. Đời truyền lại rằng: bài hát Hồi loan cửu khúc là Siêu soạn ra,
bài hát ấy bằng tiếng nước ta. Hiện nay người làm nghề hát ở Thanh, Nghệ,
còn truyền tụng.
Ngay lúc bấy giờ tế giao, miếu, xã tắc, đặt lễ làm nhạc đổi mới cả, Siêu
theo rõ việc cũ, điển lễ lớn ở triều đình, phần nhiều là Siêu soạn định. Vua
trọng Siêu lắm, thường được vua đặc biệt chú ý.
Mùa xuân năm thứ 2, tấn phong vợ cả vua là họ Tống, làm Vương hậu,
Siêu phụng mệnh sung làm sứ bưng sách.
