đã phát triển học thuyết của ông sau khi ông trở lại Anh, khi các nhà tự
nhiên học khác đã phân loại mớ bòng bong những loài mà ông đưa về.
Sẽ chính xác hơn nếu mô tả hành trình trên tàu Beagle là giai đoạn mà
Darwin khám phá Lyell. Không lâu trước khi con tàu xuất phát, FitzRoy đưa
cho Darwin một cuốn Principles. Dù ông say sóng kinh khủng trong chặng
đầu của hành trình (cũng như trong nhiều chặng sau đó), Darwin cho biết
ông đã đọc Lyell “chăm chú” khi con tàu hướng về phương nam. Tàu Beagle
có chặng dừng đầu tiên ở St. Jago - giờ là Santiago - ở quần đảo Cape Verde,
và Darwin, háo hức đưa kiến thức của mình vào thực tế, đã dành vài ngày
thu thập các mẫu vật từ những rặng núi đá ở đó. Một trong những tuyên bố
trọng tâm của Lyell là một số khu vực trên trái đất nhìn chung đang nhô lên,
giống như những vùng khác đang hạ xuống (Lyell tranh luận thêm rằng hiện
tượng này luôn cân bằng, để “duy trì sự đồng nhất của mối quan hệ chung
giữa đất và biển”). St. Jago có vẻ đã chứng minh luận điểm của ông. Hòn
đảo này rõ ràng có nguồn gốc núi lửa, nhưng nó có vài đặc điểm đáng tò mò,
bao gồm một dải đá vôi trắng ở giữa vách đá xám. Cách duy nhất để giải
thích đặc điểm này, Darwin kết luận, đó là bằng chứng của sự nâng lên của
mặt đất. Nơi đầu tiên mà “tôi tin tưởng về mặt cổ sinh vật học rằng quan
điểm của Lyell có ưu thế vượt trội” như sau này ông viết. Darwin say mê tập
một cuốn Principles tới mức ông đã yêu cầu chuyển tập hai cho ông để ông
nhận nó ở Montevideo. Tập ba có vẻ đã bắt kịp ông ở quần đảo Falkland.
Trong khi tàu Beagle đi dọc theo bờ phía tây Nam Mỹ, Darwin đã dành ra
vài tháng khám phá Chile. Ông đang nghỉ ngơi sau một chặng đi bộ buổi
chiều nọ gần thị trấn Valdivia thì mặt đất dưới chân ông bắt đầu rung
chuyển, như thể nó làm bằng thạch rau câu. “Một giây khi đó thôi cũng
khiến tâm trí tạo ra sự bất an kỳ lạ mà nhiều giờ hồi tưởng sau đó cũng
không bao giờ tạo ra được,” ông viết. Vài ngày sau vụ động đất, đi đến
Concepción, Darwin thấy cả thành phố chỉ còn là đống đổ nát. “Hoàn toàn
đúng như thế, không còn căn nhà nào có người ở,” ông ghi chép. Đó là cảnh
tượng “tồi tệ nhất nhưng cũng ngoạn mục nhất” mà ông từng chứng kiến.
Hàng loạt các đo đạc khảo sát mà FitzRoy tiến hành quanh cảng Concepcion
