Việc đi tu của Trần Nhân Tông không phải là một quyết định nhất thời.
Ngay từ khi còn trẻ, ngài đã có tâm nguyện đi tu để tìm hiểu chân lí cuộc
đời. Cũng chính vì thế mà đức vua chỉ thích ăn mặc đạm bạc, đến nỗi mình
gầy vóc hạc. Năm 16 tuổi, khi còn là thái tử Khâm, ngài được vua cha có ý
truyền ngôi cho, nhưng đã một mực chối từ, xin nhường ngai vàng cho
hoàng tử em là Đức Việp. Giờ đây, thấy Anh Tông có thể đảm đương việc
triều chính, đã đến lúc Thượng hoàng xuất gia. Ban đầu ngài tu tại cung Vũ
Lâm (Ninh Bình) rồi lên núi Yên Tử sáng lập Thiền phái Trúc Lâm mà
chính ngài là vị tổ thứ nhất, lấy hiệu là Điều Ngự Giác Hoàng, còn được gọi
là Phật Hoàng.
Đạo Phật đã du nhập vào Việt Nam từ lâu đời và từng góp phần dựng nên
cơ nghiệp nhà Lý. Trần Nhân Tông mong muốn hợp nhất và phát triển ba
thiền phái đã có mặt tại Đại Việt thành một thiền phái mới phù hợp hơn với
thời thế. Theo đường lối tu hành của ngài, đi tu không phải là xa lánh cõi
trần, mà để soi sáng chính tâm hồn mình. Một mặt, đức Điều Ngự truyền bá
đạo, giáo huấn dân chúng, mặt khác, ngài vẫn lo cho đất nước, đích thân ngự
giá đi vỗ về các châu động miền núi, dẹp loạn biên cương Ai Lao. Mọi
chuyện đã yên, ngài lại vân du phương Nam đến tận kinh đô Chiêm Thành,
ở lại đó từ tháng 3 đến tận tháng 11 năm Tân Sửu (1301) đàm đạo thân mật
với vua Chiêm. Để tạo sự hòa hiếu lâu dài giữa hai dân tộc, ngài đã quyết
định gả con gái là công chúa Huyền Trân cho vua Chiêm.
Đối với phương Bắc, tuy quân dân ta đã chiến thắng oanh liệt, Trần Nhân
Tông vẫn khôn khéo giữ quan hệ mềm dẻo, nhưng luôn đề cao cảnh giác và
nhất là không bao giờ chịu khuất phục. Trước khi viên tịch (1308), Phật
Hoàng còn viết di chúc cho muôn đời sau:
"Các ngươi chớ quên, chính nước lớn mới làm những điều bậy bạ, trái
đạo... Họ không tôn trọng biên giới quy ước. Cứ luôn luôn đặt ra những cái
cớ để tranh chấp. Không thôn tính được ta, thì gậm nhấm ta. Họ gặm nhấm
đất đai của ta, lâu dần họ sẽ biến giang san của ta từ cái tổ đại bàng thành
cái tổ chim chích. Vậy nên các ngươi phải nhớ lời ta dặn. Một tấc đất của
