Nhưng ông rất cứng rắn trong các bản án giành cho những kẻ giàu có và có
quyền thế. Một lần vào tháng Giêng năm 1910 ông đã ra lệnh đánh một
nhân vật có thế lực trong vùng 100 roi. Vài ngày sau khi người đàn ông này
chết, họ hàng của ông ta kêu oan lên bạn bè trong triều và ông Sắc đã bị
triệu về Huế xét xử. Ngày 19 tháng 5, hội đồng nhiếp chính buộc tội ông
lạm dụng quyền lực đã phạt đòn và giáng chức ông xuống bốn cấp. Đến
tháng 8, bản án chuyển thành giáng cấp và chính thức bãi nhiệm. Để sống,
ông Sắc đã dạy học trong thời gian ngắn ở Huế. Đối với bạn bè ông không
tỏ vẻ cay cú về việc mất chức, như ông kể lại với một người quen: “Khi
nước mất làm thế nào anh giữ được nhà của mình”. Tháng riêng năm 1911,
ông gửi thư cho nhà chức trách Pháp yêu cầu được tới Nam Kỳ, có thể là
với hy vọng được gặp con trai. Tuy nhiên, yêu cầu của ông đã bị nhà chức
trách từ chối có thể do nhà chức trách nghi ngờ rằng ông có liên quan tới
các hoạt động nổi dậy. Theo một báo cáo của cảnh sát Pháp lúc đó:
“Nguyễn Sinh Sắc rất có khả năng là đồng đảng của Phan Bội Châu,
Phan Chu Trinh và nhiều ngước khác. Con trai của Sắc, hai năm trước là
học sinh ở Đông Ba, đã bất ngờ biệt tích. Người ta cho rằng anh ta đang ở
Nam Kỳ. Nguyễn Sinh Sắc có thể có ý định tìm gặp anh ta và Phan Chu
Trinh”.
Ông Sắc đã tảng lờ việc nhà chức trách từ chối lời đề nghị và ngày 26
tháng 2 năm 1911 ông đã tới Tourane (tên mới của Đà Nẵng do người Pháp
đặt) và lên một con tàu tới Sài Gòn, tại đó ông dạy tiếng Hán và mở cửa
hàng thuốc bắc kiếm sống tại đây.
Liệu Nguyễn Tất Thành có biết quyết định của cha tới Nam Kỳ khiến
cho Thành rời Phan Thiết để tới Sài Gòn với hy vọng gặp được cha ở đó
hay không? Một trong những bạn của Thành ở trường sau này kể lại,Thành
đã chuẩn bị ăn Tết với cha. Hay Thành sợ rằng danh tính thực của mình đã
bị nhà chức trách địa phương phát hiện ra và họ đã theo dõi trường học nên
nói vậy. Chưa thể khẳng định nhà chức trách có biết Nguyễn Tất Thành đã
dạy học tại trường hay không, tuy nhiên, ngay sau khi Thành biến mất, một
viên quan Pháp đã tới trường hỏi Thành đi đâu, nhưng Thành đã không để
